有了充足的给养，巴托洛梅以为军心可以稳定了。但恰恰相反，总督府侍从兼伊莎贝拉城警备司令罗尔丹造反了。

为防止罗尔丹把船抢走开回西班牙，迪亚哥用障碍物把船挡住了。这给罗尔丹激发不满情绪提供了机会，大家纷纷谴责哥伦布兄弟控制移民行动，迫使大家为他们自己的利益干活，而且对待土著手段卑劣。最后，罗尔丹借用国王名义，领导着近80人宣布起义，自称是土著的解放者。

巴托洛梅试图和起义者达成协议，但没成功。此时，两艘船从西班牙赶到，带来了给养，带来了90名劳动移民，还带来了王室任命巴托洛梅为先行官的委任状，这使罗尔丹措手不及。在罗尔丹的死亡名单中，巴托洛梅是第一个应该被处决的人。现在，他们不是在反对一个权威尚有争议的外国人，而是在背叛总督不在时王室任命的最高官员。

先行官再派使者与起义者谈判，虽然谈判又失败了，但起义者妥协了。他们决定偃旗息鼓，撤到萨拉瓜。

内讧收敛后，巴托洛梅着手对外事务，他无条件释放了瓜里奥内斯。

土著重新有了酋长，而西班牙人内讧分裂的消息，鼓舞了土著的斗争情绪，他们再次发起战斗，卷土重来。巴托洛梅不得已，再次派兵作战。(www.daowen.com)

瓜里奥内斯躲进马约巴内斯酋长（Mayobarnes）的西古艾山区，巴托洛梅下令进山搜索，遇到马约巴内斯的阻拦。巴托洛梅仅有数名骑兵，却在初次战斗中给土著造成了灾难性杀伤，土著根本拦不住基督徒的骑兵。

巴托洛梅决定军事行动和外交手法相结合。他释放一些俘虏，让他们回去告诉马约巴内斯，让他把瓜里奥内斯交出来，不过这位忠于友谊的酋长拒绝交出同伴。后来，巴托洛梅抓住两名土著，他们为了保命，供出了酋长的藏身地。两名西班牙人自愿扮成土著，他们脱光衣服，把剑藏在棕榈叶里，径直进入马约巴内斯的藏匿处，把他和妻儿一块儿擒获。瓜里奥内斯在躲藏了几星期之后，饿得不行，被迫投降。海地岛最后两位好战的酋长被降伏。

在战斗中，瓜里奥内斯的妹妹也被俘虏了，她的丈夫也是一位酋长。这位来到巴托洛梅面前，跪在他的脚下发誓，如果能把妻子还给他，他和手下的人将给西班牙人当奴隶。巴托洛梅无条件释放了他的妻子，并同时释放其他一些要人，让他们陪她隆重回家。几天后，知恩图报的酋长来到圣多明各，带来了4500人的劳动大军。他们每人手里都拿着用来耕作的尖木棍，播下了第一批种子。

后来，西古艾山区的土著来请愿，他们每人都带着面包和烤鱼做献礼，呼吁释放马约巴内斯。巴托洛梅释放了酋长的妻子和眷属，但没有释放酋长。