哥伦布取得了伊莎贝拉城内外的胜利，但远在马德里的双王却对他的态度发生了极大反转。看来奴隶贸易问题和移民回国后纷纷告状已经产生了影响。4月9日，双王派糖果点心师阿瓜多（Juan Aguado）前往海地岛，代表他俩与哥伦布兄弟谈话。他们命令哥伦布兄弟，到那时必须信任他，服从他。

哥伦布没有感到明显的危险，依然沉浸在奴隶贸易的遐想中，但他变得小心翼翼。根据西班牙法律和欧洲宗教伦理，只有从异教徒敌人那里抓来的俘虏才能当奴隶。所以他让小弟弟迪亚哥押解500名土著战俘回西班牙，他们不再是随便抓来的，而是在战斗中刚刚抓来的异教徒战俘。

双王命令丰塞卡不得索要或收取迪亚哥为他们带来的黄金，因为他们允许哥伦布兄弟享有这些东西，如果接受了他的黄金，请退给他。另外，双王根据习惯法，先是指示丰塞卡把土著俘虏卖掉，但又听到布伊尔神父的劝告，他俩便下了一道新命令：“我们想征求一下文人、神学家、圣典学家的意见，看他们是否赞成交由你们把他们卖掉。此事暂时搁置一下，让我们等待海军上将的来信，以便了解把他们抓送来的原因。”他俩指示丰塞卡，未研究出结果，绝对不要接受任何人购买土著的钱。

秋天，阿瓜多抵达伊莎贝拉城的时候，哥伦布仍在与土著作战，他急忙从战场赶回来迎接钦差。阿瓜多对哥伦布冷冷的。他开始搜集殖民地对他们总督不满的材料。有人揭露说，大家天天吃的是麦糊糊和变了味儿的肥猪肉，几乎无人吃过饱饭。有人恳求说，我们什么都不想，只想让上帝把我们接回西班牙。

哥伦布得知糖果点心师四处搜集他的黑材料，认为自己的权威和特权受到这位皇家奴仆的损害。于是决定和他一起回国，为自己洗白。

伊莎贝拉港是良港，但它的西北稍稍有些暴露，所以一场狂风过后，阿瓜多带来的四艘船全吹丢了。哥伦布下令造了两艘船，一艘给自己，一艘给糖果点心师。这说明这个殖民地已经具有基本设备，而且拥有足够的技术员，他们完全可以建造横渡大西洋的海船了。

哥伦布又在海地岛选择了几个地方，建立堡垒，布兵驻扎，并任命巴托洛梅为总司令长官，迪亚哥给二哥做助手。另外，他犯了一个严重错误，他把海地岛的司法权和伊莎贝拉城的市长职务，交给了没有文化的随从罗尔丹（Francisco Roldn）。

一切安顿好了，哥伦布开始挑选和他一起回航的人。双王有令，要保证病人和穷困者一定回来。有些人远在西班牙的家眷向皇家枢密院告状，说哥伦布不让他们的亲人回国，对于这些人，也要保证他们这次回去。还有许多人听说有船回国，便缠着哥伦布非要回西班牙不可。另外还有30名土著俘虏。最后统计，失望的移民和被征服的土著一共220人。

1496年3月10日，哥伦布坐一艘船，阿瓜多坐一艘船，一同离开伊莎贝拉港返航。不过，哥伦布没有径直取道西班牙，而是在他发现的群岛中走走停停，像是在品味自己的杰作。(www.daowen.com)

哥伦布在玛丽-加朗特岛的那天，双王给丰塞卡写信，以为哥伦布死了，说“这么长时间我们不知道他一点消息，我们决定派骑士团卡里利奥（Carrillo）和另外一名理财能手前往那里，以备海军上将不在时处理那里的一切事务”。第二天，哥伦布抵达瓜德罗普岛时，遭到一群女土著的痛击。他派40人迎战，追杀至内陆。他们除了弄到一些像公鸡一样大的鹦鹉，还抓回两个小伙子和三个女人。其中一个女人是女首领，另一个女人是她女儿。哥伦布要把女俘虏放了，每人送她们一份礼物。没想到的是，女首领和她女儿不愿走，要去西班牙。

4月20日，哥伦布开始真正返航，但一路不顺。当时没人知道由西向东航行的顺风区在北纬30。或更北。哥伦布取道北纬22。，逆风和海浪经常把他们往回推。所以直到6月11日，哥伦布才回到加的斯港。

哥伦布遇到两艘帆船和一艘小船正准备去海地岛给他送粮食、牲畜、信件，哥伦布拆看了信件，又给弟弟写下新指示，然后让船队开走。

哥伦布在加的斯港稍事休息，动身前往塞维利亚。

他率领着一队人马，但他却不是过去那个趾高气扬的人，而是一个面容消瘦、眼窝深陷、头发花白、满脸胡须的人。他特意换上一身棕褐色衣服，打扮得像是方济会修士，神态很可怜。这是他的计谋，他要低调一些，不再引起嫉妒和攻击。不过一路上，每经过一个村庄，他还是忍不住会把卡奥纳博改信天主教的弟弟迪亚哥拉出来向大家炫耀。

一到塞维利亚，哥伦布和迪亚哥便住进王宫牧师伯纳兹（Bernards）的家，与住在那里的丰塞卡会合。丰塞卡对哥伦布已经明显不客气了，他满脸蔑视地静听着哥伦布申诉，想找出话中的错误。

哥伦布讲起他是从哪个方向找到古巴，而古巴是蒙古皇帝的王国，是世界上最富裕的地方。伯纳兹讥讽地说：“蒙古皇帝从前是鞑靼人的天主，而鞑靼里亚国位于布克西亚和巴伊亚之间。也就是说，它是从匈牙利开始的。所以从咱们这儿看，它应该位于每年大月份太阳升起的右手。而按照海军上将您现在寻找中国走的这条路线，我看再走6700公里，把大海和陆地全走一遍，也不可能找到那里。”丰塞卡赞同地点了点头。