1493年5月28日，双王任命哥伦布为第二次远航船队总船长。

为了抢在葡萄牙前面，焦急的双王不断催促哥伦布。6月12日，他们给哥伦布写信，让他快点出发。7月25日，他们给塞维利亚副主教丰塞卡（Juan Fonseca）和哥伦布同时写信，要求他们快点能让船队起锚。8月3日，他们给日后会跟船队一起远航的心腹特略（Gomes Tello）写信，要他尽一切努力，使舰队尽快启程。8月4日，他们给司库皮内洛（Francisco Pinelo）写信，请他多加用心，让船队早走。

但组织17艘船的舰队，编制1500人的人马，并非容易事。尽管双王反复催促，但许多事情进展不顺。桶匠提供的木桶质量很差，致使船舱里的酒大量破损。骑兵们骑着安达卢西亚的良马，在丰塞卡、哥伦布、王子秘书兼出纳索里亚（Juan Soria）面前转了一圈，私下里却把在塞维利亚吉卜赛教区弄来的劣马装上了船。这些事情都要一一解决。

一切在紧锣密鼓地进行。(www.daowen.com)

皇家炮兵总管纳尔瓦埃斯（Rodrigo Narvez）给哥伦布提供了火炮、火药、投石器、军需品。船员们还将装备上格拉纳达长矛、马拉加胸甲、长铳。这一次，双王指派了一些随船专员，负责向他俩提供对地理大发现实际价值的判断，王子奶妈的弟兄托雷斯（Antonio Torres）就是其中一位，他被任命为一艘船的船长。当然，哥伦布也要带上自己的人，比如他的小弟弟迪亚哥。这一次，哥伦布再也不必拿着国王的命令去要求释放罪犯了，也不再需要平松兄弟去劝说那些犹犹豫豫的海员，因为自愿者太多了，任哥伦布随便挑选。

哥伦布要在他上次发现的地方建立永久殖民统治，所以他将带去2000名志愿殖民，让他们建立三到四个营地和村庄。不愿在那里建住宅并定居的人，不许挖采或淘洗黄金。为了迫使大家从事耕作，一年有几个节气禁止去寻金。哥伦布还要带上牧师和宗教用品，在那里建立教堂。他要带上小母牛、560马拉维迪买来的八头母猪、山羊、绵羊、母鸡、甜橙、柠檬、甜瓜和各种蔬菜的种子。这些动植物，过去美洲没有，现在它们即将在那里生长，变得到处都是。