哥伦布考察、交易、休整了两天，然后起航，去寻找日本。在此后两个星期中，哥伦布从这座岛漂到另一座岛，以圣徒和王公的名字给这些岛屿命名。他认为，这些岛屿肯定就是托斯卡内利的地图上标明的那些东方岛屿。

他越来越相信他已经到了东亚海岸，离日本主岛不远了。而所有土著都告诉他西南有一座大岛，叫古巴。哥伦布查了一下，发现这座大岛恰好处于犹太先知以斯拉、马可·波罗、托斯卡内利描述的日本岛的位置。在10月23日的日记中，哥伦布按捺不住欣喜地写道：“我想今天就启程去古巴岛，根据这些人用手势比画的它的大小和财富情况，我认为它应该就是日本。”

事实上，哥伦布当天就起航了。10月28 日，他的船队抵达古巴东北部的巴里亚门港（Bariay）。哥伦布忽然改变了看法，认为这不是日本岛，而是中国大陆，是蒙古皇帝的国土，他所在的位置是泉州或者杭州。

他用伊莎贝拉一世的继承人胡安娜公主的名字重新命名了这片大陆。

哥伦布任命会说希伯来语、库尔德语、阿拉伯语的犹太人托雷斯（Louis Torres）做信使，由赫雷斯（Rodrigo Herres）陪同，深入内地，去打探这块国土的国王是谁。他以为中国还在元朝统治下，而且各个地区像欧洲一样各有封建领主。

11月5日，两位考察者回来了。他们没有蒙古皇帝的消息，没有打听到国王在哪儿，也没有找到出产黄金的地方。但他们发现，那里人人手拿一些卷好的草叶子，悠然地吸一口，然后吐出白烟。据说这样能减轻疲劳，这就是日后风靡世界的烟草。此后，西班牙人很快学会了抽烟，烟草和金子一样令人向往。(www.daowen.com)

在航向费尔南迪纳岛（Fernandina）的途中，哥伦布遇到一条小筏子，他看划桨者实在太累了，便请他上船休息。划桨者是圣萨尔瓦多岛的通信员，带着一个小筐，要去费尔南迪纳岛报信，告诉邻岛自己那地方来了许多白人。哥伦布送了信使很长一段路，又送给他面包、蜂蜜、酒，送他到他要上岸的地方。

哥伦布解释说，这是为了让他说西班牙人的好话。他在日记曾说，他不是为了保护土著而保护土著，全是为了留下好印象，以便以后西班牙人再来时不至于遇到麻烦。但他的一些做法和他的想法有时是矛盾的。

11月6日，六名土著划着一条木筏子来到哥伦布船边，其中五人爬上船，哥伦布下令把他们抓起来，带回西班牙。当他经过波尼恩特河边（Poniente）时，他派人抓走七个女人和三个孩子。在记述此事时，哥伦布用牲口的量词作为人数的量词，在他那里，没信天主教的不是人。这一天，哥伦布给双王写信，要求弘扬天主教，让土著们皈依上帝。他似乎从未意识到，他把土著变成奴隶的做法和他想让土著信奉上帝的意愿是矛盾的。不久，土著远远看见他们就会逃跑，甘愿把家丢掉。

多日巡查之后，哥伦布认为古巴是中国最贫瘠的地区，富饶的日本群岛在它的东面。于是他沿古巴海岸向东前进，去找海地岛。11月20日，平松老大的平塔号消失了，多疑的哥伦布一整天都在担心，怕平松抛下他是要利用船速快的优势，抢先回西班牙报喜，夺得发现新世界的桂冠。第二天，哥伦布又猜想平松老大已经抢先到了他要去的海地岛，因此大发雷霆。