WTO是具有独立的国际法人资格的永久性组织。其最高决策机构是由所有成员方主管外经贸的部长、副部长级官员或其全权代表组成的“部长会议”。其职责是履行WTO的职能，并为此采取必要的行动。部长会议有权对所有多边贸易协议的事项作出决定，并对各成员方请求的特殊需要作出政策决定。部长会议至少每2年举行1次。在部长会议休会期间由全体成员方代表组成的总理事会代行部长会议职能，因此总理事会是WTO的常设决策机构。总理事会可视情况自行拟订议事规则及议程，随时召开会议以履行其解决贸易争端和审议各成员方贸易政策的职责。总理事会下设3个专门理事会，即货物贸易理事会、服务贸易理事会和知识产权理事会，分别负责货物贸易协定、服务贸易协定和知识产权保护协定的实施和监督。每一理事会每年至少举行8次会议。上述3个专门理事会还设有若干分委员会，并规定分委员会的职责和议事规则。此外，部长会议还下设4个专门委员会，即贸易与环境委员会、贸易与发展委员会、国际收支限制委员会和预算、财务与行政委员会，以处理特定的贸易及其他有关事宜。WTO组织机构见图1。

图1　WTO组织机构（资料截至1999年5月31日）

秘书处是WTO的日常办事机构，负责处理日常行政事务，由部长会议任命的总干事领导。秘书处下设的机构计有1室24司，即总干事办公室、部长会议司、理事会司、信息与新闻媒介关系司、对外关系司、法律事务司、规则司、市场准入司、农产品与商品司、纺织品司、服务贸易司、知识产权司、贸易政策审议司、发展司、贸易与环境司、贸易与金融司、加入司、技术合作司、培训司、经济研究与分析司、统计司、信息司、言语服务与文件司、财务与总务司和人事司。

总干事主要以下列身份参与WTO的活动：

捍卫者（监护人）——可最大限度地向各成员方施加影响、监督他们遵守WTO各项规则。(www.daowen.com)

引导人——考虑和预见WTO的最佳发展方针。

调停人——主持协商和非正式谈判，帮助各成员方解决他们之间所发生的争议。

负责人——负责秘书处的工作，管理预算财政和有关行政事务。

总干事和秘书处职员的职责具有排他的国际性，即他们在履行职责时不得寻求或接受任何政府或WTO以外的指示，并且作为国际官员不得做可能会对其职务产生任何不利影响的事情。同时，总干事和秘书处职员在履行其职责时享有相应的特权和豁免权。