上述指令中，总司令部的态度是，要求日本政府在3月15日正式提出改革法案。而在此之前，就已经对农林部非正式提出第一次改革中的不完善之处。在政府提交改革法案期限之前，即3月12日，总司令部的土地改革问题负责人吉尔马丁和拉德津斯基召开新闻记者会，针对第一次土地改革法案，首次公开声明不满之处。其核心内容为，地主持有5町步土地过多，这样会使不在改革范围内的租用耕地非常多；为切实落实土地改革政策、缩短改革时间，不允许地主和佃户直接接触，由政府介入进行收购和出售。

但是，当时已经根据总司令部的指令决定进行大选，内阁主要负责选举事宜。松村也因总司令部的“开除公职处分”而辞去农林大臣的职务。政府无暇重新考虑这个问题，就姑且以第一次土地改革方案作为基本内容，在限定期限内，提交给总司令部。

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1945年12月9日总司令部下达了要求日本政府提交土地改革方案的指令，指令中提到“应该加入以下四点计划”：（一）将非本地居住的地主的土地所有权转让给耕作农民，（二）以适当的价格收购不从事耕种的土地所有者的土地，（三）土地收购制度要依据耕作农民的收入分期付款，（四）要有保障佃农在拥有土地后不会再次沦为佃农的制度。