20世纪90年代，政府从财政金融方面对农民专业合作经济组织予以实质性支持，1991年《国务院关于加强农业社会化服务体系建设的通知》要求金融、科技、商业等部门在资金、技术、生产资料供应等方面给予支持。

1992年，广东省南海市（现为佛山市南海区）罗村镇下柏管理区率先试行农村土地股份合作制。把农民使用的土地收归集体，然后由集体建立股份合作社或股份公司，统一规划管理，通过出让、出租等方式让农地直接进入土地市场，获得土地的级差利益，不同的村由本村村民合议选择配股方式。[10]

1993年，《中华人民共和国农业法》明确指出，国家鼓励农民兴办专业技术组织，国家在税收、信贷等方面给予优惠。同年，中央一号文件《中共中央国务院关于当前农业和农村经济发展的若干政策措施》指出：“农村各类民办的专业技术协会（研究会），是农业社会化服务体系的一支新生力量。各级政府要加强指导和扶持，使其在服务过程中，逐步形成技术经济实体，走自我发展、自我服务的道路。”同年，国务院明确提出将农业部作为指导和扶持农民专业合作与联合组织的行政主管部门。

1994年，财政部和国家税务总局发出通知，对专业合作社暂免所得税，1997年又扩展到免征增值税。1994年，《中共中央 国务院关于一九九四年农业和农村工作的意见》强调：“抓紧制订《农民专业协会示范章程》，引导农民专业协会真正成为‘民办、民管、民受益’的新型经济组织。”接着，农业部和中国科协联合下发了《关于加强对农民专业技术协会指导和扶持工作的通知》，财政部等部门也出台了相关扶持政策，试点工作陆续展开。此后，农业部确定陕西、山西为借鉴日本农协经验的试点省，安徽为农民专业协会示范章程试点省。黑龙江、四川等省还结合农业支持项目，开展了农民专业协会或农民合作组织的试点工作。

1995年，《中共中央国务院关于深化供销合作社改革的决定》把发展专业合作社作为供销合作社改革的重要措施。

1998年，《中共中央国务院关于1998年农业和农村工作的意见》指出：“发展多种形式的联合与合作。农民自主建立的各种专业合作社、专业协会以及其他形式的合作与联合组织，多数是以农民的劳动联合和资本联合为主的集体经济，有利于引导农民进入市场，完善农业社会化服务体系，要积极鼓励和大力支持。”

2002年修订的《中华人民共和国农业法》指出：“国家鼓励和支持发展多种形式的农产品流通活动。支持农民和农民专业合作经济组织按照国家有关规定从事农产品收购、批发、贮藏、运输、零售和中介活动。鼓励供销合作社和其他从事农产品购销的农业生产经营组织提供市场信息，开拓农产品流通渠道，为农产品销售服务。”还指出：“国家采取措施发展多种形式的农业产业化经营，鼓励和支持农民和农业生产经营组织发展生产、加工、销售一体化经营。国家引导和支持从事农产品生产、加工、流通服务的企业、科研单位和其他组织，通过与农民或者农民专业合作经济组织订立合同或者建立各类企业等形式，形成收益共享、风险共担的利益共同体，推进农业产业化经营，带动农业发展。”

2004年中央一号文件《中共中央国务院关于促进农民增加收入若干政策的意见》把“培育农产品营销主体，鼓励发展各类农产品专业合作组织、购销大户和农民经纪人”作为促进农民增加收入的一项重要措施提出来。从2004年起，中央财政设立专项资金支持专业合作经济组织。农业部组织实施了508个农民专业合作组织示范项目。2004年6月7日，永济市蒲州镇农民协会挂牌成立，这是中国第一个正式注册的农民协会，主要由散布在山西省永济市蒲州镇的35个村庄的3800名农民组成。[11](www.daowen.com)

2005年中央一号文件《中共中央国务院关于进一步加强农村工作提高农业综合生产能力若干政策的意见》指出：“发展农业产业化经营……积极探索龙头企业和专业合作组织为农户承贷承还、提供贷款担保等有效办法。支持农民专业合作组织发展，对专业合作组织及其所办加工、流通实体适当减免有关税费。集体经济组织要增强实力，搞好服务，同其他专业合作组织一起发挥联结龙头企业和农户的桥梁和纽带作用。”同年9月，农业部确定北京、吉林、山东、浙江、安徽、河南、湖北、湖南、四川、陕西、宁夏、青岛等12个省（自治区、直辖市）为全国农村专业合作组织建设试点。

2006年中央一号文件《中共中央国务院关于推进社会主义新农村建设的若干意见》强调：“要着力培育一批竞争力、带头力强的龙头企业和企业集群示范基地，推广龙头企业、合作组织与农户有机结合的组织形式，让农民从产业化经营中得到更多的实惠……开展农产品精深加工增值税改革试点。积极引导和支持农民发展各类专业合作经济组织，加快立法进程，加大扶持力度，建立有利于农民合作经济组织发展的信贷、财税和登记等制度。”同年10月11日，十六届六中全会通过的《中共中央关于构建社会主义和谐社会若干重大问题的决定》指出：“坚持农村基本经营制度，保障农民土地承包经营的各项权利，发展农民专业合作组织，增强农村集体经济组织服务功能。”同年10月31日，我国颁布了《中华人民共和国农民专业合作社法》，结束了农民专业合作社法律地位不明确的尴尬地位，以法律形式规定专业合作经济组织作为中国新型农民合作经济组织。

这一时期，与农民专业合作社的快速发展相比，政策措施与体系建设相对滞后，难以满足新型农村合作经济组织的发展要求。在政府涉及农村工作的意见和政策中，对专业合作社的定位基本是“逐步发展的集体经济组织”。关于合作社的政策文件（1991—2006年）见表2。

表2　1991—2006年关于合作社政策的梳理

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