系统科学方法论原则在目前有各种不同的概括，但无定论。从经济监督学角度出发，这些方法论原则的具体运用包括以下几项。

（一）整体性原则

任何一个研究对象都可以作为一个整体来考察，从一个分子到一个宇宙都是一个机构的整体，都是一个系统，一个按特定的方式联系起来的统一体。过去的经济监督理论也强调整体性，但往往是一种机械整体，它被分割成各个不同的部分，然后对各部分进行分别研究，这个整体的属性就是各个部分的属性总和。一台机器可以分析成各种零部件，而机器的性能就是各种零部件的性能总和。一项经济监督活动，也可以把它看成像一部机器一样，可以分拆为各种零件，先分为内容与形式两大部分，内容再分为财务、管理、效益等，形式再分为计划、方案、程序等，似乎一项经济监督活动就是政策内容与程序形式的相加。因此，过去经济监督研究讲的整体性，仍是一种还原意义上的整体性。而系统论的整体性最根本的在于某部分一旦从整体游离出来后，就会发生质变，而整体并非各部分相加之和。

从系统论出发，我们对经济监督本质的认识，不是对经济监督进行机械的分割，静止地、孤立地考察其部分，然后达到对经济监督整体性质的判断这样一种途径。相反，必须从整体入手，考察各个部分的联系方式。经济监督因素的分析，只是达到经济监督整体认识的手段。比如我们过去讲经济监督的职能作用，把它分为揭露作用、查证作用、建设作用，等等。这种分法是感性的思维方法，不符合系统科学方法论的原则。因为经济监督的功能是统一的，它存在于经济监督系统的运动中，经济监督的揭露性因素、查证性因素和建设性因素都处在经济监督的整体功能之中，作为系统元素而存在。如果把经济监督的功能割裂开来，分成揭露作用、查证作用和建设作用加以并列，那么所谓揭露作用、查证作用和建设作用就脱离了经济监督的功能系统，就不再是经济监督自身的功能，而是一般意义上即一般监督形态所具有的普遍功能。由于过去我们把经济监督的功能看成三种作用的相加，而不是看成整体的，所以对那些公式化、概念化的经济监督，也认为它们只有三种作用。可见把经济监督作用分割开来，孤立地考察它的作用是不可行的。

（二）结构性原则

经济监督研究不仅要把它作为一个整体，而且要把它看成是各个部分按照一定的方式组合起来的结构。这种“结构”是事物内部各要素的联系方式。我们研究的任务就是揭示对象的内在结构，这是达到对经济监督本质认识的一个重要手段。经济监督的结构方式在很大程度上决定了一项经济监督的本质。经济监督的本质不单是经济监督的结构因素所决定，如在效益监督中，结构的因素对整体的性质、功能关系更为密切。因而系统论研究经济监督的本质、功能可分为三种：一是元功能，指一个整体中各个孤立部分的功能，如财务经济监督、管理经济监督、效益经济监督都有各自的功能，这种功能可叫元功能。二是原功能，就是整体的各个部分相加的功能。三是构功能，它不存在元素当中，而是各种元素按照一定的排列组合方式总合起来的结构所产生的功能。比如一个人的生命不是人体的某个部分的功能，我们在人体身上找不到生命素，生命是作为一个整体的运动，运动一停止，生命也就不复存在。同样，我们研究经济监督，就要研究这个经济监督的结构。财务经济监督有一定的结构，管理经济监督也有一定的结构，效益经济监督又有一定的结构。就大的方面来说，整个经济监督发展史也有自己的结构。因此，系统论经济监督研究，应该通过揭示对象的结构来达到对对象的认识，而不能停留在一般的经验性的描述上，要深入揭示各种经济监督对象的内在结构。

（三）层次性原则(www.daowen.com)

按照系统论原理，系统是有相对性的。一个系统对另一个更大系统而言，它是这个系统的元素，而一个元素本身也有自己的结构，也是由更小的元素构成的，相对于这个更小的元素来说，它又是一个系统。现实世界便是各种不同等级的系统复杂交织起来的网络结构，具有复杂的层次性。经济监督处在不同的层次，就会有不同的本质。因而，孤立地研究经济监督的结构是不够的，应进一步研究经济监督在不同层次的性质。如一项具体的经济监督活动，它的经济监督结构是由各种元素构成的，可在整个经济监督活动过程中体现，经济监督活动又是一个元素，其性质为整个经济监督系统所规定。当我们把某一经济监督孤立起来研究它的结构时，可以区分它的内容和形式，并分别加以考察，但在经济监督程序这一层次来看经济监督，这种区分就无太大意义。因为在经济监督系统中，程序已转化为系统的元素，起作用的是它的整合质，不管经济监督内容也好，经济监督形式也好，都不单独起作用，内容与形式已经融合成新的范畴。所以在经济监督系统中谈论经济监督程序就不应该把内容和形式分别加以考察。又如经济监督结论的客观性问题，我们过去往往只用经济政策的尺度去衡量。事实上，经济监督结论的客观性是由不同层次构成的，也就是说，我们研究经济监督的客观性问题，不能仅仅在结论与标准的关系这一层次上思考。再如经济监督的技术方法问题，它们是不同层次观察对象而使用的不同手段。从宏观的角度看，每种经济监督形态和每种经济监督方式都有自己的经济监督技术方法，方法的差异往往成为不同经济监督活动的重要标志。因此，从经济监督发展的总体趋势观察，技术方法是举足轻重的。但从微观角度来看，即就一项具体的经济监督活动来看，不同层次的技术方法并不起决定性的作用。

（四）动态性原则

系统作为一个运动着的有机体，其稳定状态是相对的，运动状态则是绝对的。系统不仅作为一个功能实体而存在，而且作为一种运动而存在。系统内部的联系就是一种动态，系统与环境的相互作用也是一种动态。系统的功能是时间函数，因为不论是系统要素的状态和功能，还是环境的状态或联系的状态都是在变化的。系统论经济监督不能仅仅停留在层次结构上，而应研究它的运动过程，把经济监督对象看成是动态的、生成的，研究经济监督的运动形式和内在机制。过去的经济监督研究，一旦把某一经济监督形式确定为对象时，往往习惯于看成是孤立和静止的，以为这样可以给研究带来方便，这是传统的思维方式。比如过去研究效益经济监督，总是把注意力集中在程序上，在程序内容和形式上寻求解释，而很少把程序放到整个经济监督动态系统中来考察其形成的内在机制。

（五）相关性原则

如果把研究对象放到更大的系统中来考察，就可把握这个系统和它周围的系统的联系。因此，研究经济监督不仅仅要了解一般的经济监督，还要研究经济监督和相关学科的关系。如经济监督和会计学、经济监督和管理学、经济监督和财政学、经济监督和经济学、经济监督和数学、经济监督和行为科学等的联系。由于系统有相对性，一旦我们确立了对象后就不能把它加以孤立，而必须把它还原到网络结构中去，考察其与别的相联系的相关度。比如在研究经济监督主体和经济监督客体时，我们要研究二者的相关性，于是，我们就发现这种相关性是一种对应关系。又如，我们用会计学来研究经济监督，这是因为会计学与经济监督有相关。但是，如果把经济监督看成会计的一部分，研究的性质就变了。过去，曾有过用会计学来研究经济监督，往往把经济监督搞成会计的“附属物”，使经济监督走进了一个狭窄的小胡同。我们应用相关性原则，目的在于扩展我们的思维空间，全面地认识经济监督的本质和规律，而不是把经济监督作为其他学科的附属物。