首先，从全国范围看，创新创业活动存在区域不平衡问题。陈晓红，王慧民（2009）通过对中国东部、中部、西部和东北四个地区的实地研究，比较分析了四个地区的创业动机、创业支持性基础设施、创业成长关键因素和创业管理风险与障碍，结果发现创业活动在四个地区的分布及其不均衡，东部地区创业的活跃程度远远高于中西部地区。

其次，当前政策、体制中存在的一些障碍性因素影响到大众创业、万众创新的顺利开展。蒋同明（2015）分析了当前科技体制中存在的问题有投入多、产出少，投入与产出不成正比，科研成果转化率低，科研经费管理混乱。这些问题直接影响到万众创新的活力，因此深化科技体制改革是当前促进大众创业、万众创新的重中之重。^[47]中国科协（2016）“关于推进大众创业、万众创新”政策措施落实情况的评估中提出当前“双创”工作中要重视的几个问题，一是政策遍地开花，精耕细作还不够；二是政策执行中不同程度存在上面踩油门、中间挂空挡、基层不松刹车的现象；三是体制改革之后的刚性约束明显，政策难以有效落实；四是草根创业踊跃，“双创”主力军缺位；五是政策因人、因企、因制而异化现象比较普遍，普惠性差；六是面向全球创业竞争的政策准备不足。栾福明，王雨佳（2016）等人认为现行支持大众创业税收政策中存在以下问题：创业所得双重征税增加创业者税收负担；现行政策尚未切实给予创业者激励；劳务收入的税收政策不合理；当前税收政策的激励对象受限于特定人群，不利于大众创业目标的实现。^[48]雷德雨（2016）认为推进大众创业万众创新遇到的难点有：创业服务体系不完善；创业创新的金融支持不足；创业创新的财税政策存在“短板”；机会型创业率低；创新创业平台支撑不足。

第三，当前创新创业文化氛围不够浓厚，尚未形成本土创客文化，影响到“双创”的长远发展。李华琴，罗英（2015）认为尽管“大众创业 万众创新”提出已有一年之余，但是与社会关注度高形成鲜明对比的是，民众创新创业热情并没有得到显著提升，一个重要的原因在于社会没有形成良好的创新创业文化氛围。中国在2015年召开的“大众创业、万众创新”背景下的科学文化国际学术研讨会上，来自国内外十余名学者对当前科学文化发展的特点和趋势做了主题发言。不少学者谈到了当前“双创”遇到的问题和挑战，其中清华大学李正风教授谈到了作为双创主体的创客得以形成的重要条件之一——创客文化，他认为创客文化源于西方的车库文化、黑客文化和DIY文化，这样的文化基因一方面可以促进中国创客运动更为迅速的转为创业和创新，但是可能对社会持续创新能力的维系和发展带来挑战。(www.daowen.com)

最后，缺乏创新创业人才制约“双创”健康有序发展。李华琴，罗英（2015）认为：创新创业的主体归根结底是人才，青年是创新创业的主力军，尤其是受过高等教育的大学生，可是当前的大学生普遍缺乏创新意识和创业能力无法胜任“大众创业、万众创新”的重担。^[49]