在中央政府强化土地用途管制后，地方政府为规避监管或实现耕地总体占补平衡，开始占用重要的生态用地，挤占绿色生态空间。为解决林地、草原、湿地等生态用地减少和被破坏等问题，中央有关部门逐步扩大对部分生态用地开展用途管制，依托各部门职责，按要素分门别类实行用途管制的制度逐渐建立。但此时各自分立、互不关联的管制体系与管制模式割裂了“山水林田湖草“等各要素生态系统之间的联系，对生态系统的整体性、系统性考虑不足，用途管制政策的协调性也不够。

21世纪以来，土地用途管制开始强化城乡建设用地空间管制，要求在市县乡土地利用总体规划中划定城乡建设用地规模边界、扩展边界和禁止建设边界，形成允许建设区、有条件建设区、限制建设区和禁止建设区，即“三界四区”，并制定各区管制规则。同时，《城乡规划法》和《城市规划编制办法》（建设部令〔2006〕第146号）等也加强了城市规划区的空间管制，形成了对规划适宜建设区、限制建设区、禁止建设区，绿线、紫线、黄线和蓝线等“三区四线”的空间管制方法。土地用途管制从数量管控走向数量管控与空间管控并重。

党的十八届三中全会《关于全面深化改革若干重大问题的决定》中提出“建立空间规划体系，划定城镇空间、农业空间和生态空间开发管制界限，落实空间用途管制”。2017年党的十九大报告明确要求对全部国土空间均实现用途管制，标志着土地用途管制从平面正式走向立体空间、从割裂的单要素管制迈向“山水田林湖草”生命共同体的综合管制。(www.daowen.com)

土地用途管制的核心是依据土地利用总体规划对土地用途转变实行严格控制，特别是各类非农建设占用耕地。林地用途管制的主要内容是严格限制林地转为建设用地，实行林地分级管理和森林面积占补平衡。水域岸线用途管制的主要内容是按照水功能区划严格分区管理，规范涉河建设项目审批，实现建设项目占用水利设施和水域岸线补偿制度。海域管理实施海洋功能区划制度，即海域使用必须符合海洋功能区划，严格管理填海等改变海域自然属性的用海活动，不得擅自改变海域用途，其实质是海域用途管制。总体而言，各类用途管制制度均是通过编制资源、空间利用规划或功能区划，划定功能用途区并确定限制开发利用条件，实行用途审批和变更许可制度，具有强制性。新的国土空间用途管制制度尚需进一步建设和完善。

党的十九大报告提出设立国有自然资源资产管理和自然生态监管机构，统一行使所有国土空间用途管制和生态保护修复职责。2018年第十三届全国人民代表大会将统一行使所有国土空间用途管制职责的职能正式授予新组建的自然资源部。2018年12月，中共中央国务院出台的《关于统一规划体系更好发挥国家发展规划战略导向作用的意见》提出“国家级空间规划以空间治理和空间结构优化为主要内容，是实施国土空间用途管制和生态保护修复的重要依据”。至此，国土空间用途管制的机构、依据、权责等内容基本明确，“国土空间用途管制”也提升到前所未有的国家战略层面。