兰州大学敦煌学研究所是由兰州大学和敦煌研究院联合共建的教育部人文社会科学重点研究基地，是甘肃省重点学科和国家重点（培育）学科，是兰州大学211工程和985工程建设学科，具有敦煌学博士学位授权点和历史学（敦煌学）博士后科研流动站。经过三十多年的建设，兰州大学敦煌学研究所成为国内外知名的敦煌学科学研究、人才培养、资料信息、学术交流的中心。

1979年兰州大学成立了敦煌学研究小组，是中国最早开展敦煌学研究的高校之一，次年2月创办了中国内陆首家敦煌学专业刊物《敦煌学辑刊》，从此开始了兰州大学敦煌学的研究事业。1983年参与发起成立中国敦煌吐鲁番学会，并举办了首届全国敦煌学术讨论会。1984年获得历史文献学（敦煌学）硕士学位授予权。1985建立了中国敦煌吐鲁番学会兰州大学资料中心。

1998年兰州大学与敦煌研究院实行联合共建，取得了强强联合、优势互补、珠联璧合的效果，获得历史文献学（含敦煌学、古文字学）博士学位授予权，成为国内第一个敦煌学博士点；同年被批准为甘肃省重点学科。1999年双方共建的兰州大学敦煌学研究所入选首批教育部人文社会科学重点研究基地。2002年经人事部评审批准，建立了历史学（敦煌学）博士后科研流动站，在学科点的建设上取得了明显的成效，已经具有硕士、博士、博士后流动站完整的培养体系，并以本学科为主题成立了兰州大学“985工程”敦煌学哲学社会科学创新基地。2006年与耶鲁大学共建国际佛教艺术与文化研究中心（International Center for the Study of Chinese Buddhist Art and Culture），以此为平台积极开展对外交流。2007年建成历史文献学（敦煌学）国家重点（培育）学科。敦煌学研究所下设敦煌文献研究室、敦煌石窟艺术研究室、宗教学研究室、国际佛教艺术与文化研究中心、藏传佛教艺术中心、中国敦煌吐鲁番学会兰州大学资料中心、《敦煌学辑刊》编辑部等机构。资料中心面积300余平方米，拥有专业图书10万册，信息化网络服务正在逐步完善中；《敦煌学辑刊》进入社科核心期刊目录（CSSCI）。(www.daowen.com)

兰州大学敦煌学研究所现有专职研究人员15人，目前拥有国务院学位委员会第七届学科评议组成员1人，长江学者特聘教授1人、讲座教授1人，全国百篇优秀博士学位论文指导教师1人，甘肃省教学名师1人，兰州大学“萃英讲座学者”外籍教师1人，荣誉教授1人。

研究所现任所长郑炳林教授，名誉所长樊锦诗研究员。