发端于南海的农村土地股份制改革，确实为当地快速工业化和城镇化提供了有利条件，极大地释放了南海在初步实现工业化道路上的生产力。但随着该制度在珠三角广泛推行后，其存在的问题也逐渐显现出来。该制度在实行的过程中显现出来的问题主要表现在以下几个方面：第一，股权固化之后，由于婚丧嫁娶，各村人口发生变化，分红数量急剧分化；第二，该制度在保障农民土地权益上仍有很多不足，在征地方面仍相当程度上损害了农民的土地权益；第三，原订立的股权“生不增，死不减”问题，嬗变为突出的社会矛盾；第四，原16周岁以下的半股份群体已成为中年，他们为自己享受半股待遇而愤愤不平；第五，村委会掌管股份公司，成了土地受益所有者，他们占据大部分土地增值收益，因财务支出不够透明引发村民不满；第六，由于信息缺乏和专业经验不足，股民对管理者无法进行有效监督。^[20]今天的南海，大量的土地依然是农村集体土地，这种土地产权属性如何适应工业化和城市经济时代的需求，如何对20世纪90年代形成的土地股份制进行完善是当前亟须解决的问题。

除了土地股份制本身不完善带来的后续有违村民土地发展权问题的出现，还出现了阻碍城市发展的新难题：第一，“以土地换租金、以空间换增长”的工业增长方式，导致工业用地分散，土地产出率不高。第二，政府征地拆迁过程中出现征地冲突。当面对城市发展统一规划过程中的征地拆迁问题时，南海也出现了征地冲突。例如，2005年南海三山地区因征地发生群体性抗争事件；2010年南海丁西村村民声讨村干部假造签名，隐瞒征地事实。第三，土地开发强度过大，造成生态环境污染。例如，2006年末，英国一家媒体报道了大量洋垃圾流入珠三角的新闻，将大沥镇联滘村这个“垃圾村”推到风口浪尖上。位于桂和路和广佛路交界处的联滘村，是南海“在农村土地上长出了工业化”的代表。最顶峰的时候，2000多家废旧塑料加工档口遍布全村，村内工业区成为一个大的“垃圾场”。在农村集体土地上“就地工业化”的模式并没有自动带来城市型经济发展。2007年1月，南海区开始对废旧塑料等小作坊进行全面整治，宣告联滘废旧塑料时代的终结。同时，大沥镇政府组建国资公司，以政府向村里统一租地、政府组织统一规划、统一招商、高标准开发的模式，将包括联滘工业区在内的1800亩土地，打造成大沥的新中心——广佛商贸城，这预示着联滘的重生，也开启了南海“三旧”^[21] 改造时代。^[22] 2009年，南海成为广东省“三旧”改造试点示范。2014年，南海成为全省新一轮深化“三旧”改造综合试点。2015年，南海成为全国33个农村土地制度改革试点之一，^[23]承担了集体经营性建设用地入市、农村土地征收、农村宅基地制度改革试点任务。这些土地改革的目的是解决农村集体土地权益保障不充分、征地矛盾多发、宅基地用益物权难落实等问题。2019年底，南海区“三块地”相关改革创新成果被新《土地管理法》吸收，为推进土地要素市场化配置、促进城乡融合发展提供了南海方案。(www.daowen.com)