目前，跨境电商主要还是传统的海关货物监管模式，一方面，小批高频交易，使得现有监管模式无法有效监管；另一方面，以数字内容交易为核心的服务贸易部分不在海关监管范围内。

一是“无票免征”政府覆盖范围有限。2019年，国务院常务会议提出要完善跨境电商等新业态的促进政策，主要是对跨境电商综合试验区电商零售出口落实“无票免税”政策，为企业的所得税核定征收提供更加便利的方法。但从实施效果来看，“无票免税”目前的政策适用范围还不够广，大部分卖家走的是市场采购1039渠道出口或快件、邮政包裹渠道。此外，9610通关模式主要是由物流商申报、外贸综合服务企业统一代理出口，但由于外贸综合服务企业不属于电商范畴，不能申请无票免征。因此，只能按传统出口贸易方式，帮助采用9610模式的电商卖家进行税务合规操作。

二是外汇监管依然存在诸多难题。由于跨境电商交易涉及的主体众多，具体包括跨境电商平台、电商经营主体、金融机构及境内外收付机构、物流企业、综合服务企业等，一般存在货物流、资金流主体相分离现象，加上海关、税务、物流、金融机构的信息共享程度不是很高，给电商身份识别、交易真实性审核等带来困难，这将给电商最后的出口汇兑业务办理带来困难。这是因为货物贸易外汇管理遵循“谁进口谁付汇，谁出口谁收汇”主体监管原则，要求货物流、资金流、信息流相一致才办理汇兑业务。(www.daowen.com)

三是海关监管中的风险识别问题依然存在。跨境电商中小金额、大批次特点，使得通过邮寄物品等的风险管理和风险评价难度加大，传输虚假三单信息、伪报贸易性质等问题时有发生。由于目前跨境电商B2B出口申报流程过于苛刻，没办法按照一般贸易要求申报商品要素，无法满足企业实际需求。

四是依然存在偷税漏税问题。跨境电商属于一般贸易，按照相应操作流程，海关报关时应缴纳关税和增值税，但是存在部分跨境电商以快件的方式通关，由于目前监管技术比较落后，自用品和代购商品很难区分，存在一些跨境电商抓住这个监管漏洞来逃避税收缴纳的行为，使得跨境电商领域的偷税漏税情况较为严重。