从大革命到拿破仑时期，法国高等教育在一定程度上经历了重建。虽然中世纪和旧制度时期的某些特征依然延续，但在19世纪上半叶，法国高教体制与欧洲其他国家相比仍然表现得相当独特（Charle & Verger，1994）。在各类从事科学教育的机构中，规模最大的是理学院、医学院和药学院。这些学院均隶属于帝国大学。1793年，法国境内大学关停。1808年，在富克鲁瓦的推动下，拿破仑下令对既有教育资源进行整合，建立了一所帝国大学。这是法国高等教育体制经历的一次重要改革。

帝国大学的建立似乎意味着大学的重建，用以接续在大革命中被关停的传统高等教育机构，但事实绝非如此简单。新建机构与旧制度时期的大学差别较大。它作为国家机构，不仅管理着巴黎和各省高等教育层次的专业学院，包括神学院、法学院、医学院、文学院和理学院，而且管理着法国境内的高级中学等教育机构。帝国大学按地域在全国划分出26个学院，后于1870年缩减为17个。每个学院通常覆盖相邻几个省的教育行政工作，范围大致与上诉法院负责的地理区域对应。首任行政领导由丰塔纳（Fontanes，1757—1821）担任。帝国大学委员会在学校管理中发挥着积极作用。拿破仑之后，该委员会一度被称为公共教育委员会（1815—1820）和皇家公共教育委员会（1820—1822）（Léon & Roche，2003），在第二共和国时期又更名为公共教育高级委员会。各学院设有院长职位和学术委员会，管辖本地区高等和中等教育机构。学生要想获得学位以及职业资格，需要通过相应的国家考试，学院为这些考试安排考官，并负责授予学位（Fox & Weisz，1980a）20。

波旁王朝复辟后，帝国大学更名为法兰西大学。此时，相当一部分专业学院已经开始运行。专业学院的教授需要为学生和普通公众开设课程，进行公开演讲，也向政府和产业界提供专业咨询。除此而外，他们还在较大城市开展应用研究，投身地方学术社团，为社会提供基本的技术培训。就学生而言，到19世纪下半叶，理学院的入学人数与文学院大体相当，但比法学院、医学院、药学院等专业学院的入学人数少很多。

复辟时期的决策者们一度打算废止帝国大学，但最终决定对其进行改造。一些教师和管理者被视为波旁王朝的批评者，并因此被迫离开工作岗位，比如库赞（Cousin，1792—1867）和基佐（Guizot，1787—1874）。在复辟时期的最后几年，政治压制才有所缓和。此外，政府在教育预算上并不大方。七月王朝时期，在基佐和库赞等人的推动下，政府对教育的重视程度有所提升，大学的发展较为顺利，科研活动获得重视，预算相应增加（Fox & Weisz，1980b）29。

不过，在第二帝国初年，各地的学院在政治上再次受到压制。教师群体经历整顿，学术自由遭受侵害。与复辟王朝相比，第二帝国在预算上尤显吝啬。1863年，拿破仑三世试图赢得自由派人士的支持，任命迪吕伊为公共教育部部长，情况有所好转。但在普法战争前夕，大学的实验室条件总体较差（Pasteur，1868）。第三共和国时期，决策者视科学技术为社会秩序的基石，相信高等教育必须成为培养新一代社会精英的基础，学术研究是推进科学进步的保障。随着学术活动受到重视，政府给予法兰西大学以更多财政支持。大学在教育和科研中扮演着日益重要的角色。（Fox & Weisz，1980b）30（Charle，2011）

经历了大革命以及拿破仑时期的改革，提供高等教育服务的学院已经世俗化了。旧制度时期的传统大学深受天主教影响，神学院在其中占据重要地位。在19世纪的法兰西大学，神学院并未消失，天主教势力在某些时候甚至尝试收复其在高等教育领域丢失的疆土，但学院早已被深入整合进世俗的社会和教育秩序之中。(www.daowen.com)

法兰西大学呈现为单一的中央集权体系，其下设立分支并覆盖法国全境。在某种意义上，它不只是高等教育机构，也承担着全国教育行政管理事务，在功能上类似于中央政府的教育主管部门。它的人事任命制度较为严格，比如，机构建立之初，最高行政领导由拿破仑皇帝本人亲自任免，而学院领导、中央和地方的督学、教师等则由大学行政领导任命，学院教授均为国家公务人员。这一时期的教育体制反映了法国政治秩序的面貌。

在19世纪大部分时间内，法兰西大学系统中的科学部门虽然规模不小，但并未在科学研究上作出相称的贡献。一方面，科技体制中的机构各自承担着不同功能，科学研究并非大学的主要职责。专业学院一定程度上仅被视为研究机构的补充，而非学术研究中心。另一方面，大革命之后的动荡政局，极大地限制了其发展。不同时期的政治气氛不尽相同。复辟王朝和第二帝国时期的政治氛围较为保守，而温和的自由主义与共和主义思想则散布在19世纪的学院。不仅如此，科学研究需要批判精神和独立思想，而政府需要的只是能够按部就班阐释教学大纲的教师。在国家政治相对保守的时期，上述因素很可能对主流意识形态形成冲击。法兰西大学因此不被信任，甚至遭到敌视。

在中央集权化的教育体制中，机构间的竞争依然非常激烈。任何一个专业学院要想提高自己在体制中的地位，加强获取资源的能力，就必须保证其毕业生的就业竞争力。一旦能够确保合格的生源，机构就会试图通过提高招生、教学和考试各环节的标准，以提升教学质量和机构声望，最终帮助毕业生占据某些特定行业岗位的比率。这种竞争在医学院和法学院表现得相对明显。在第三共和国时期，教学机构在技术培训和商业教育上同样努力革新。

法兰西大学建立之后，力主变革的声音就不曾消失。专业学院的教授们将自身利益和更为基础的高等教育改革联系在一起。为了获得更好的生活待遇、更多的学术自由、更高的社会声望，他们赞同对大学相关制度的改革。院长从机构利益和职业竞争的角度出发，希望从法兰西大学内部推动变革，而不同时期的政治决策者则从教育体制外部思考改革。19世纪上半叶，法国政体变动不居。政府对教育机构管控力度在各个时期虽然不同，但主管教育的官员总是希望通过推动教育体制改革，扩展自身的权力。19世纪下半叶，高等教育和研究模式不断演化，各国在相关领域的竞争日趋激烈。教育制度改革逐渐成为一种趋势。19世纪60年代，决策者和改革家们特别关注各国在高等教育和科研领域所取得的进步。化学家孚兹（Wurtz，1817—1884）、生理学家贝尔纳（Bernard，1813—1878）等疾呼，法国应该向正在快速崛起的德国学习。微生物学家、化学家巴斯德（Pasteur，1822—1895）和同时代其他人一道推动以研究为基础的职业模式。随着1870年色当战败，法国的精英们深感忧虑：拿破仑高教改革之后，本国大学发展艰难，与此同时，德国大学则表现良好。在这个意义上，德国暂时取得的优势难道与其高等教育无关吗？^[8]多种因素促逼法国进行教育改革。到19世纪晚期，法、德两国在科学教育和组织结构方面的差异开始缩小（Lundgreen，1980）。1896年7月，在主管高等教育的官员利亚尔（Liard，1846—1917）的推动下，通过各地专业学院的重组，法兰西大学分解为15所独立的大学。第三共和国的高教改革使大学获得了更多自由，在更大程度上满足地方的经济和产业发展需求，并使大学的理学院有可能与大学校和专业研究机构展开竞争。^[9]

法兰西大学和大学校体制之间既相互交流，也相互竞争。学者的教学活动可以跨越大学校和学院的边界，比如数学家阿歇特（Hachette，1769—1834）、泊松（Poisson，1781—1840）、柯西（Cauchy，1789—1857）等既是综合理工学院的教师，同时也在巴黎的理学院授课。不过，学院和大学校教育培养目标不同。理学院和文学院的教育理念可追溯到百科全书传统，也体现在孔多塞关于公共教育的报告之中，其中渗透着启蒙思想的进步观（Badinter，1988；巴丹特尔，1995）。虽然蒙日为综合理工学院设计的课程计划也彰显了启蒙思想，但前者原则上倾向于通识教育，崇尚理智主义和沉思，而后者明确支持专才教育，强调效率和实干。与大学校体制相比，法兰西大学的专业学院并非一流，后者在资源获取、招生质量、教师薪水，及其与政府部门关系紧密程度等诸多方面，均不占据优势。大学缺乏培训职业人才的社会声望，而雇主们认为大学毕业生实践动手能力不足，这种根深蒂固的偏见在一定程度上也折射出两类机构的总体差距。理学院一直试图打破大学校毕业生对国家工程师团体的垄断，但在这场体制内部的竞争中基本处于下风，难以撼动大学校的主导地位。