尽管战略性新兴产业在扩大就业规模、促进经济增长等方面发挥了重要的积极作用，然而，政府对该领域中的初创企业财政支持做法还是有争议的。由于缺乏对政策的参与者和各个机构之间的组织协调，财政支持政策可能会产生“系统失灵”　（Peneder，2008），而且除了缺乏良好的融资服务外（Karapetrovic和Willborn，2001），政府官员不具备必要的经验和知识去挑选要支持的企业（Lerner，2002；Leleux和Surlemont，2003）。Cohen和Noll（1991）、Wallsten（2000a）指出，政府官员有时只投资那些可能成功的企业，而不管这些企业是否需要财政资金支持。这样的结果就会导致财政资金的错配，并给私人风险投资者设置投资障碍（Leleux和Surlemont，2003）。此外，政府风险基金还可能降低战略性新兴产业企业的效率（De Meza，2002）。而且，不像专业的私人投资者，政府官员可能缺乏为创业者提供经营企业的建议和支持的经验（Leleux和Surlemont，2003）。政府财政应重点支持被私人投资者忽略但又有良好成长前景的企业（Colombo和Grilli，2006）。如果政府成为了风险资本市场的直接参与者，不断增长的政府基金会对私人风险资本的收益造成影响，因此，政府风险资本可能会挤出私人风险资本投资（Armour和Cumming，2006；Cumming和MacIntosh，2006）。所以，政府官员是否能比市场更有效地分配资金和是否能合适地定义政策目标是值得质疑的（Avnimelech和Teubal，2006；Gilson，2003；Holtz-Eakin，2000）。

为了避免这些问题，Gompers和Lerner（1999）建议政府风险投资者掌握必要的有关国内外风险投资市场的知识，并和私人风险投资者建立联系，关注那些具有较高风险的新技术，为初创企业的后续发展提供资金支持。为了提高对企业的审查能力，Gompers和Lerner（1999）还强调对企业销售记录进行分析的重要性。Colombo和Grilli（2006）提出财政支持战略性新兴产业企业的政策应加强针对性，避免替代效应的产生，还要防止财政资金流入不需要财政支持的企业。(www.daowen.com)

财政支持战略性新兴产业企业的R&D投入会产生补充作用还是挤出作用还存在争议（Garcia-Quevedo，2004）。Wallsten（2000b）研究发现美国小企业创新研究项目对私人投资有完全的挤出效应。Hyytinen和Toivanen（2005）指出财政资金的投入可能会挤出潜在的私人投资者，扰乱私人部门的投资激励，导致社会资源的浪费。财政对进入战略性新兴产业的企业补贴可能会扰乱形成企业多样性的学习过程，并导致财政资金的浪费（Santarelli和Vivarelli，2002），而且政府如果对不需要补贴的企业提供资金，会加重财政的负担（Santarelli和Vivarelli，2007）。由于财政补贴的作用，很多低效率的初创企业会快速成长，但这种成长会随着财政补贴的取消而停止，低效率的企业最终也会退出这个产业，而且不对初创企业进行补贴会让更多高效率的企业存活下来（Revest和Sapio，2010）。Toby Harfield（1999）认为，市场在战略性新兴产业的发展中起主导作用，因此，政府应当注重市场配置资源的作用。Pohl（2005）探讨了日本产业振兴合作组织与市场的关系，认为该组织在海洋新兴产业的扩大和再生产方面不能达到预期目的，强调市场调控的重要作用。相反的是，不少学者认为政府对企业的创新补贴是必要的。Neary（1998）认为，R&D的溢出效应会使企业投资减少，通过R&D补贴政策来刺激企业进行R&D投资对于政府来说是必要的。Lach（2002）利用以色列新兴产业的数据研究发现政府资助刺激了小企业的研发投入，有利于新兴产业中的小企业快速发展。Koga（2005）通过研究日本的初创战略性新兴产业企业发现财政补贴R&D与私人的R&D投入有相互补充的作用。Gonzalez等（2008）在研究西班牙企业时也没有发现财政补贴的挤出效应。Ellison和Glaeser（2010）也指出有利于产业发展的金融、财政、税收政策的引导是保障和促进新兴产业健康发展的重要手段。Pere（2013）通过对1998—2009年间西班牙制造业公司的研究发现，研发补贴可以对公司的R&D活动产生诱发作用，尤其在小企业中，这种诱发作用更有明显。