战略性新兴产业的发展需要有一个长期的可持续发展的整体规划，为此，从中央到地方政府多措并举，加大财政支持力度，战略性新兴产业的发展获得了前所未有的动力。然而，在这一过程中，各种矛盾问题日益暴露，对战略性新兴产业的发展产生了不利影响。其中，最具代表性的问题包括：财政资金投入不集中与税收优惠政策缺乏针对性等，国内不少学者对这些问题进行了研究。

首先，针对财政投入方面，出现的问题主要表现为财政资金投入分散，而且财政投入的方式缺乏创新，难以形成财政对战略性新兴产业投入的长效机制。而对于很多地方政府设立的投资引导基金，钱霞（2011）指出这些投资引导基金过于重视地域化特征，因而会影响到子基金的实际效果，缺乏合适的投资项目，甚至将资金投入到未经认证的高新技术项目当中，隐藏着巨大的风险。在地方政府支持战略性新兴产业发展时，存在财政资金投入战略性新兴产业过于分散，无法达到预期的扶持效果，对战略性新兴产业企业的税收优惠较少，使企业承担的税负过高的情况（黄力明等，2011）。此外，部分地区因财政收支比例失衡，因此对科技创新的投入自然是有心无力；还有一些地方政府财税政策体系存在许多漏洞，导致财政投入的方式不够科学，财政资金的有效利用率也无法得到提升。资金分配不够集中，同样导致财政资源无法发挥其最大价值。未经有效调配的各项财税政策，均导致政策实施的整体效益低下（侯延刚，2011）。肖兴志（2011）就目前我国战略性新兴产业的相关财税支持政策进行了阐述，在他看来，财政支持战略性新兴产业还有极大的发展空间，但税收支持力度较弱；税收支持方式丰富，财政支持方式单一；财税政策支持的行业较为集中，未能覆盖全部战略性新兴产业。张少春（2010）指出由于战略性新兴产业概念的提出与范围界定较晚，导致目前的财政支出政策体系与政策目标相比，尚有许多不足之处。

其次，我国的税收优惠政策并不完善，不能适应战略性新兴产业的发展。目前现有的优惠政策都是针对高新技术产业发展的，这也就造成了税收优惠缺乏针对性。针对国家层面的税收优惠政策，邓保生（2011）指出现有的税收政策存在政策的针对性不足，缺乏对企业风险投资的税收优惠，优惠政策的全局性、协调性不强。付广军（2011）在对战略性新兴产业发展的税收优惠政策进行研究时指出，目前的税收优惠政策虽然较多但相对较乱，且集中度和针对性不够；对部分区域而言，虽然税收优惠政策较多，但与战略性新兴产业相关的优惠十分有限，企业得到的税收优惠要远远大于劳务和货物税收；战略性新兴产业的税收优惠应该从制度、执行力度、应用范围等多方面进行改进。(www.daowen.com)

在地方政府层面出台的优惠政策，张源等（2011）分析了当前广东支持战略性新兴产业发展的税收政策发现，广东现有的税收优惠多但杂，缺乏集中性和针对性；针对企业所得税优惠多，流转税优惠少；区域税收优惠多，但针对战略性新兴产业的优惠少。