1.种质资源家底不清，保护不力，品种混杂

目前，制约我国当归资源可持续利用的瓶颈问题是：当归野生种质资源分布不明，种质资源的全国性系统调查、搜集和整理工作不够，种质资源的鉴定与评价研究深、广度不够，其相应的遗传优势、功效及应用价值尚未明确；同时，当归野生资源的人工驯化栽培、利用开发步伐严重滞后；在国家层面，尚未建有当归种质资源保护、保存的专门研究机构或工作中心，保护措施尚未形成、保存技术不尽完善。

在我国当归传统道地栽培区，一直缺乏当归种子、种苗生产和经营的专门研究组织与机构，未建立当归种子、种苗质量系统评价体系，当归种子、种苗普遍存在“散、乱、杂”等问题；同时，当归品种的鉴定、系统选择、提纯复壮工作不到位，造成品种严重混杂退化，病虫害严重、药材质量下降。

2.种质改良和优良品种选育工作滞后

尽管当归在甘肃的栽培历史长达1700多年，但其种质改良和良种繁育研究工作起步晚、发展滞后。目前，市场上流通的当归药材商品均为栽培品种，基本以传统自产种子为主，由农户自留自育，选育种盲目性、随意性大，长此以往便导致当归品种退化，品质降低，具体表现在药材的抗病虫害能力减弱，耐药性增强、易抽薹、高等级商品规格药材得率降低等方面。(www.daowen.com)

近年来，在当归新品种的选育研究方面，相继由甘肃省相关科研院所培育出“岷归1号”、“岷归2号”、“岷归4号”等几个新品种，且普遍采用人工选择的传统育种方法，而在人工选育优良品种的过程中只有每一世代里最符合人类需求的植株种子才能被继续播种，这样的筛选导致了遗传瓶颈效应，减少了整个基因组中的遗传多样性，而遗传多样性降低会使栽培植物在种植过程中出现结实率低、不易存活、抗病虫害能力差等问题。

3.栽培品种单一，新品种生产优势未能显现

当归属植物在我国有26种5变种1变型，但作为正品药材者仅一种，即当归（A.Sinensis）。目前对当归属植物缺乏广泛发掘和深入研究，对其遗传背景了解很少。长期以来，甘肃当归栽培普遍采用的品种为当归属多种类型的混合体，田间表现良莠混杂，难于管理，严重制约当归产量及品质。虽然甘肃省定西市旱作农业科研推广中心采用混合选择法经多年成功选育出特征显著、农艺综合性状优良、高产、优质的多个当归新品种，但由于未能纳入农作物品种选育推广计划，因而不能及时有效推广，造成生产中品种单一，优势品种难以形成。