在战争过程中，许冠群在全国各地同几乎所有在政治上有势力的中、日方面的头脑人物都有联系。在上海，他同青帮保持着密切联系，而在战前及战时的上海，青帮是在劳资关系和官商关系中都起着举足轻重作用的黑社会组织。1936年，许冠群将银行家顾克民吸纳进新亚董事会，而顾同青帮头子杜月笙关系密切。1938年，在杜月笙从上海逃到香港后不久，许冠群便同顾克民结拜为兄弟。后来，当战争于1945年结束后，许冠群本人也从上海逃到了香港，他和他的合伙人将新亚留给顾克民照看，由此可见他们对顾克民的依赖程度有多大。[30]

在上海，许冠群也同日本占领军以及与日本人合作的中国人相互往来。他之所以能够充分利用先前便已存在的关系，是因为他通过新亚的共同创办人及合伙人赵汝调早在战前就已与日本建立了若干联系。当许冠群于1936年到日本考察时，赵汝调即充当了他的翻译和中间人，这样，在1937年日军入侵上海后，赵便成为许冠群和日本占领当局及其中国合作者之间的调停人。[31]

在战争初期的1937年至1941年，许冠群在上海公共租界政府担任了几个职位。在职期间，他和那些有门路把他引荐给日本当局的中国人混在一起。1939年和1941年，他两次入选上海公共租界工部局。在那里，许冠群同袁履登及袁的两位密友闻兰亭和林康侯勾结在一起。袁、闻、林三人是当时众所周知的“上海滩三大亨”，后来连许冠群也称他们为臭名昭著的“大汉奸”。通过这三个人，许冠群同日本宪兵队及情报部门建立起了联系。[32]

1941年12月，日本占领了上海外国租界区，许冠群开始直接同日军当局合作。他凭借上海制药业同业公会主席的身份，以一位在中国有头有脸的人物出现。为了同日本占领当局打交道，他还将上海制药业同业公会和上海新药业同业公会进行了合并。[33]

1942年，许冠群和制药领域的其他中国商人曾在短期内失去了对在中国销售药品的直接控制。自1942年4月开始，他们必须通过由日本人把持的华中医药品统制联合会，才能销售药品，同时，他们也都要归日本武田化学公司的经理中岛精一掌控。但不到一年，许冠群和其他中国资本家通过于1943年3月成立的受到日本人扶持的全国商业统制总会，取得了对药品销售的更大的控制权。日本人称这个组织为一个“商人自治团体”。1943年8月，许冠群经梅思平这个在亲日的汪伪政府内权势熏天的内政部长的推荐，成为全国商业统制总会的董事会成员。从那时起一直到战争结束，许冠群一直是总会董事会成员，并且向包括日军在内的日本消费者出售药品，尤其是酒精。[34](www.daowen.com)

在上海以外的日本在华占领区，许冠群与各地日伪当局同样保持着密切关系。在北京，新亚华北分公司的经理同1937年建立的日伪华北临时政府的头目王克敏打得火热。在华中日伪政权“首都”所在地南京，许冠群通过汪精卫的连襟、1940年至1945年任“行政院副院长”兼“外交部长”的褚民谊同汪伪政府合作。由于褚民谊的关系，许冠群才能够于20世纪40年代初在日军占领的杭州、汉口、广州及福州等城市重新开设新亚业务处。许后来回忆道：“对汪伪政权而言，我们新药同业最熟悉的是汪伪政权手下公馆派的褚民谊。”[35]

在日军控制之外的中国各地，许冠群同蒋介石的国民政府也保持着联系。他通过国民政府在上海的地下情报系统的支持，使新亚的药品在国民政府控制区受到保护。他特地为国民党重要人物吴开先和吴绍澍领导的一个上海秘密情报组织提供资助。这两个人都是CC系成员，这是国民党内的一个保守政治派系，在战前便已控制了国民党的情报系统，在战前、战争期间和战后均有很大的影响力。作为对许的回报，CC系为新亚在重庆的分公司及其在长江上游的销售网络提供了保护。[36]

战争期间，许冠群在上海唯一未能建立起密切联系的主要政治组织是中国共产党。一直到战争末期许冠群迁至香港后，他才开始同中共地下组织做生意。[37]但中共只是一个例外，战争期间许冠群同其他主要党派都有关系。

许冠群同几乎所有政治派别的头面人物都能碰得拢，并结成范围广泛得令人叹为观止的联盟，这种成功对他有着一箭双雕的意义：这不仅保护了他在上海和其他地区的销售网络，还为他开辟了资金渠道，使他能够得到上海内外的各种资金来源。