到了21世纪初，浦东新区原有500多平方千米的区域开发10余年后，地域面积略显狭小，而航运中心、科技创新中心、贸易中心等许多项目位居浦东与南汇两区，资源统筹协调存在一定的成本。于是，浦东新区与南汇合并形成新浦东正式浮出水面。2009年4月国务院批复同意上海市《关于撤销南汇区建制将原南汇区行政区域划入浦东新区的请示》，新浦东正式诞生。新浦东雄踞东海之滨、北接苏北、南联杭州湾，面积超过1200平方千米，不但扼守长江经济带的入海口，而且位于我国沿海经济带的中腰，沿海经济带与长江经济带交汇的潜能将得到激发，贯通江苏北部沿海与浙江北部沿海的经济联系，实施整体融入全球化。随着南汇并入浦东和国务院批复上海市建设“两个中心”（金融中心和航运中心）后，新浦东将在一个区级政府的管理下，可以更好地统筹航运、金融、贸易、科技中心的资源，可以更好地发挥市场和政府两种手段的作用，系统推进金融、航运、贸易、科技中心的建设，新浦东在上海城市中的核心功能地位更加突出。

两区合并是物理空间的合并，要充分激发两区合并后新浦东经济发展的潜能，发挥资源整合后的优势，需要发挥制度配合。这些制度在随后的中国自由贸易试验区获批后获得了机遇，自由贸易试验区的政策实施强化了浦东的经济发展优势，改革开放的排头兵与经济发展的龙头作用逐渐加强。

2013年9月，中国（上海）自由贸易试验区（简称上海自贸试验区）正式挂牌运营，该区涵盖上海既有的4个海关特殊监管区域（上海市外高桥保税区、外高桥保税物流园区、洋山保税港区和上海浦东机场综合保税区），面积28平方千米，成为我国深化改革开放的新试验田，是打造中国经济升级版的样板最佳场所。同年9月，上海市人民政府公布了《中国（上海）自由贸易试验区外商投资准入特别管理措施（负面清单）（2013年）》，2014年9月又发布了2014版的“负面清单”。“负面清单”依据《国民经济行业分类及代码》（2011年版）分类编制，共涵盖18个行业门类，89个大类，419个中类，1069个小类，共计190条管理措施。负面清单是按照国际统一的投资规则进行的投资自由化改革，是中国经济进一步同世界接轨的坚实步伐。经过1年多的试验，负面清单在我国其他自由贸易试验区推广，随后迅速在全国推广复制。在贸易方面，单一窗口的贸易管理体制逐渐与世界一流的贸易体制相互接轨。另外，政府管理体制、社会管理体制、人才管理体制改革等都有了显著成效。

为了持续推进自由贸易试验区改革的深入，中央各部门、上海市政府管理部门以及社会组织系统、协调推进改革的局面逐步形成。中央政府不断及时调整在自由贸易试验区中的改革事项，例如，2015年，国务院新出台了《进一步深化中国（上海）自由贸易试验区改革开放方案》，提出要加快以资本项目可兑换和金融服务业开放，促进我国人民币制度自由化兑换，加快形成国际一流的投资贸易通行规则体系，并且要大力探索适用于境外股权投资和离岸业务的税收制度；2017年，国务院又出台了《全面深化中国（上海）自由贸易试验区改革开放方案》，要求进一步对照国际最高标准、查找短板弱项，大胆试、大胆闯、自主改，全方位对外开放，持续深入推进贸易和投资自由化便利化，为我国经济更加融入经济全球化做好压力测试与制度试验。(www.daowen.com)

率先探索科技创新中心制度，浦东国家改革试验的任务更加系统。浦东作为上海市国际经济中心、金融中心、贸易中心、航运中心、科技创新中心“五个中心”核心功能区的地位确立。2015年起，上海市政府公布了上海自贸试验区和张江国家自主创新示范区联动发展实施方案（“双自联动”方案），力图利用自由贸易试验区的改革开放优势，加快科技创新体制机制改革，加大科技政策的创新，提升利用全球创新资源的能力，率先建设全球创新型城市。2016年3月30日，国务院原则通过了《上海系统推进全面创新改革试验加快建设具有全球影响力的科技创新中心方案》，提出到2020年上海要形成具有全球影响力的科技创新中心的基本框架体系，到2030年，着力形成具有全球影响力的科技创新中心的核心功能。上海市委、市政府随后出台了《上海建设具有全球影响力的科技创新中心浦东新区行动方案（2015—2020）》，浦东新区也制定了《关于进一步推进张江高科技园区自主创新的实施意见》《张江高科技园区重大科技活动资助实施办法》《张江高科技园区进一步支持行业协会发展的实施办法》等一系列科技创新政策。

浦东科技创新中心核心功能区提出以后，上海张江综合性国家科学中心的规划随即出台，国家科学中心按照全球领先的标准加紧建设，许多全球领先的大科学装置、大科研装备，例如蛋白质中心、软X射线中心、李政道研究所等加速推进。同时，创新发展的体制机制改革步伐加快，例如以市场为导向的科技成果转移转化机制、激发市场创新动力的收益分配制度、健全企业为主体的创新投入制度、建立积极灵活的创新人才发展制度等密集提出。

张江高科技园区已成为全球最具有创新活力的科技园区之一。2018年，张江高科技园区集聚了高新技术企业828家，初步形成了集成电路、人工智能、生物医药三大主导产业，其中，集成电路产业产值约占全国1/3，芯片制造业产值占全国的33%左右，封装测试占40%左右，集成电路的设计、制造、封装、测试、设备、材料等重点环节都有较大规模的企业，创新的生态链条较为完整，产业整体创新能力较强，与一流的芯片技术水平差距日益缩小。生物医药研发、制造企业与机构达到500多家，形成了国内最为齐全的生物医药产业创新链条。国内三个创新药中，至少有一个在张江园区诞生。上海浦东软件园已经成为全国最大的软件产业基地之一，软件的设计水平稳步提升。新能源汽车、新材料、海洋工程、航空航天等一批战略性新兴产业初具规模，具有核心技术的重大产品正在走向市场。