在完成形态开发和功能开发为主的第一阶段之后，浦东整体开发不断深入推进。

首先，主动接轨WTO规则等国际惯例，加快制度创新步伐。浦东紧抓我国加入WTO的机遇与挑战，逐步实现了从支持性、优惠性政策为主向制度性、功能性政策为主的转变，引领社会主义市场经济与国际社会的双向开放。一方面，浦东以陆家嘴金融贸易区和外高桥保税区为主要载体，将对外开放的重点从一般生产加工领域扩大到服务贸易领域。陆家嘴金融贸易区在国内率先扩大金融保险、信息咨询、会展旅游等领域的对外开放，着重引进跨国公司地区总部、研发中心、外资金融机构、专业服务中介等，并将先行先试离岸金融业务。外高桥保税区积极探索“境内关外”的监管方式和“区港联动”的新体制，按自由港的功能和模式，进一步开展国际租赁、国际航运、现代物流、国际法律服务和国际商品展示等服务贸易领域的开放。与此同时，浦东抓住上海实施“聚焦张江”战略以及迎接筹办世博会的机遇，加快高科技产业布局和推动城区建设。

其次，在全国率先开展综合配套改革试点。2005年6月21日，国务院批准浦东开展综合配套改革试点，标志着浦东开发开放的动力由主要依靠政策优惠和投资拉动转变为主要依靠体制创新和扩大开放。浦东制定了《浦东综合配套改革试点总体方案》和三轮《三年行动计划》（2005—2008、2008—2010、2011—2014），突出了改革总体思路、战略目标和主要任务。在转变政府职能方面，浦东新区按照“强化、转化、弱化”的要求，突出强化政府公共服务和管理的职能，弱化政府经济管理职能，转化部分可由政府支持、社会承担公共服务的职能。在转变经济运行方式方面，浦东新区以陆家嘴金融贸易区为载体推进金融改革创新、以张江高科技园区为载体推进科技体制创新，并努力深化涉外经济体制改革，积极争取国家外汇管理局等部门的支持，率先开展跨国公司地区总部外汇资金管理方式试点，突破了制约总部经济发展的瓶颈。在改变城乡经济社会二元结构方面，以紧紧抓住消除城乡二元结构深层次的体制机制障碍为突破口，打破原来按照城区、开发区、郊区分别设置的管理机构，以政府管理“城郊合一”促进经济发展“城郊协同”、社会事业“城郊并轨”，推进城乡一体化发展。

改革的深化推进有力地保障了浦东经济的高速发展。经济发展速度虽然较之第一阶段有所放慢，但是在综合配套改革试点和筹办上海世博会的利好因素促进下，浦东经济年增长率始终保持在两位数的发展区间。2001年浦东经济总量首次突破1000亿元，为1087.53亿元；2008年增长至3105.99亿元，平均增长率为12.8%，占同年上海市的比重接近1/4，占全国总量的比重为1/90左右，是1990年上海市经济总量的4倍多。2009年，南汇区被整体划入浦东新区，新的浦东新区诞生。两区合并后的浦东区域面积从570平方千米激增至1210平方千米。更为重要的是，合并后的浦东新区很快实现了产业发展、区域规划的统一协调推进，区域均衡化发展水平不断提升，同时更为广阔的发展空间为浦东开发开放的深化进一步增添了动力和潜能。因此，尽管有2008年以后全球金融危机的强烈冲击，但浦东经济整体增长速度还是呈现两位数的高位运行态势。2012年，经济总量规模进一步扩张至5929.91亿元（见图2），和2001年相比，将近增长了6倍。(www.daowen.com)

图2　浦东新区经济增长态势图（2001—2012年）

资料来源：历年《浦东新区统计年鉴》。