（一）数据的安全性问题

在“云会计”中，各种财务数据都通过网络进行传递，数据的载体发生了变化，数据流动的确认手段也出现了多种方式。由于互联网的开放性将不可避免地出现一些问题，例如，网络黑客或竞争对手利用专业病毒和间谍软件等，非法截获并恶意篡改传输过程中的数据或者绕过财务软件关卡进入财务数据库等；操作人员保密安全意识差；系统管理员对操作人员操作权限设置不当；对敏感数据的访问不留下痕迹等。这些都使网上信息的真实性受到质疑，某些内控制度失效。企业最为机密的核心财务数据遭黑客盗窃、篡改，或是被意外泄露给非相关人员，这对企业无疑会造成严重的后果。

（二）“云会计”的信息孤岛

目前，我国的“云会计”还处于起步阶段。阿里软件的“钱掌柜”、用友的“伟库网”、金蝶的“友商网”都开始提供“云会计”服务，但是目前只局限为中小企业提供在线记账、现金管理等一些基本功能，未能与企业其他的信息系统如OA、BI、ERP有效融合。这将造成新的“信息孤岛”。(www.daowen.com)

（三）对“云会计”提供商的依赖性

“云会计”的建设完全依赖于“云会计”服务提供商。“云会计”服务提供商的专业能力和售后服务质量对“云会计”的应用效果起着巨大作用。一旦“云会计”服务提供商技术支持响应不及时，或者停止运营，这对企业的正常运营都可能造成破坏性的影响。