畜牧业的发展，带来了可观的经济效益，改善了国民的生活质量，推动了农村经济的发展步伐。但事物的发展往往具有双面性，单纯追求畜牧业的片面发展而忽视了其可持续发展的重要性，产生了一定的负面影响。如果把向大自然索取和排放废物都控制在生态承载力的限度或阈值之内，那么人类活动就不至于造成对自然的破坏。但是，当前随着畜牧业规模化和集约化的程度不断提高，可持续发展的重要性被忽视，导致生态环境遭破坏、产品质量降低、人畜共患疾病爆发、资源短缺等一系列问题相继突显，特别是生态环境破坏问题尤为严重。

畜牧业实质是通过人工模拟动物自然生长过程，利用动物营养学等科学技术提高了生产率，该行为改变了自然界进化过程中已有的发展模式。然而，根据自然规律，动物营养过程不是孤立的，而是与周围环境息息相关。集约化大规模生产方式的应用，得到较多畜禽产品的同时却把粪便等畜牧业污染物不经处理就直接还给了自然界，这些污染物毒害性大，数量多，而且又很集中，使自然生态系统很难消纳，从而对环境造成了严重的破坏。因此，许多畜牧业发达国家将废弃物的利用作为一门“粪便科学”对其开展深入研究。当前，规模化畜牧业对生态环境的危害主要集中于禽畜粪便、污水、氮、磷等微量元素、微生物、药残、重金属等，对空气、土壤、水源等造成了巨大的伤害，在一定程度上延长了生态环境的恢复周期。(www.daowen.com)