畜牧业生态工程是一个农、牧、渔、加工等各业有机结合的大系统。各层次、组分之间存在着互为因果的协调关系。要最大限度地发挥其总体功能，其系统总体结构必须合理。因为一个系统的整体功能不等于各组分单独功能的总和，全部组成最优化加起来往往不是整个系统的最优化。

畜牧业生态工程设计本身是一个选择优化工艺流程和合理生产结构的过程，可能设计有各种各样的方案，如何选择一个最佳结构呢？这需要运用系统分析的方法，对最佳结构设计进行计算。经过比较修正决策，确定优化方案。其步骤是：

1.方案评价

在决策前，先根据要达到的目的，对各种结构方案进行评价比较。评价指标体系组成包括产量、能量、经济效益、产投比、环境与景观效益和发展前途与稳定程度等。

2.综合决策

各项评价指标经专家系统评审加权后，称之为综合决策指数。它是畜牧业生态工程最佳结构决策的基本指标。(www.daowen.com)

3.社会修正

在方案择优过程中，不能完全按综合决策指数进行，还应考虑到地区的流通、调剂、互通有无，以发挥各地区的优势。

4.模拟运行

对设计方案进行计算机模拟运行，看它的流畅程度，后交给试验区有关部门和技术人员进行可行性讨论或小面积的实施。发现问题及时反馈修正，最后确定可行的优化实施方案。