“畜牧业生态工程”和“家畜生态学”是既有区别又有联系的不同概念。后者本身是生态学的一个分支，是研究家畜与其生存环境间在不同层次上相互关系及其规律的科学。它和草原生态学、海洋生态学一样，属生态学研究的一个专门学科。“畜牧业生态工程”本身是一种生产工艺体系，属于一个产业。通过低投入高产出地生产农、畜产品，其指导思想与理论是以生态学，尤其是家畜生态学的基础原理和研究成果为基础的。二者是理论与实践的有机联系。

畜牧业生态工程本身包括传统畜牧业的内容，一些成功的单项饲养技术与新方法的筛选与应用。但不是简单的多项技术叠加，它们是两个不同的概念，其主要区别有下列几方面：

（1）畜牧业生态工程所涉及的领域，不仅包含畜牧业的范畴，也包括种植业、林业、草业、渔业、农副产品加工、农村能源、农村环保等，实际是农业各业的综合；

（2）从追求目标上看，传统养殖看重于单一经济目标的实现，而畜牧业生态工程不只是考虑经济效益，而是经济、生态、社会效益并重，谋求生态与经济的统一，从而使生产经营过程既能利用资源，又有利于保持良好的生态环境；(www.daowen.com)

（3）以指导理论看，畜牧业生态工程除了动物饲养等专业学科理论外，主要是以生态学、生态经济学、系统科学原理为主导理论基础；

（4）畜牧业生态工程注重太阳能或自然资源最合理的利用与转化，各级产成品与“废品”合理利用与转化增值，把无效损失降低到最低限；

（5）畜牧业生态工程把种植、养殖合理地安排在一个系统的不同空间，既增加了生物种群和个体的数目，又充分利用了土地、水分、热量等自然资源，有利于保持生态平衡。