发展生态畜牧业，抓好畜种改良，既是前提，也是基础。近年来，新疆进一步加强畜禽良种繁育基础设施建设，构建与现代畜牧业生产相适应的育种、扩繁、推广一体化生产供应体系；加大地方畜禽品种保护和开发力度，培育一批有市场前景的畜禽新品种、新品系，推进畜禽良种产业化。在畜种改良中，一方面，新疆充分发挥当地畜种资源丰富的优势，科学分布改良区域，加大自繁自育优良畜种的能力；另一方面，积极引进优良畜种，合理布局冷配服务点，对一些受牲畜流动影响大、冷配工作开展难度大的农牧区结合部冷配点和牧区流动冷配点进行优化组合，确保冷配效果。近年来，伊犁哈萨克自治州围绕“牧业大州”建设，先后建立了七个良种畜繁育基地，配种站已覆盖到了村级，黄牛冻精冷配得到全面普及。博尔塔拉蒙古自治州在畜牧业发展中大力推广优质冻精和优良种公牛，鼓励采用优质冻精和牧区购进种公牛进行黄牛改良。全州共开设冷配点79处，其中农区75处，牧区临时冷配点4处。实行冷配员“分片服务，跨区竞争；随叫随到，收入归己；建档立卡，跟踪管理，重奖优秀”的工作制度。2007年大力推广优质冻精和优良种公牛，购买牛冻精53600粒，牧区引进种公牛60头，每县20头。为了促进黄牛改良工作，州畜牧兽医局于2007年8月10日在精河县大河沿子镇呼合哈夏北村、博乐市青得里乡阿里翁拜新村、温泉县塔秀乡奎屯布拉格村和温泉县安格里格乡托里村召开了全州黄牛改良现场观摩会，通过现场会的召开，推动了黄牛改良尤其是冷配工作的开展。在绵羊改良中，2007年共引进超细型细毛美利努种公羊147只、肉用德国美利努羊108只、白绒种公山羊139只及2500粒冻精，制定了种公畜管理办法，与购畜户签订了种畜管理利用合同，加强种公畜管理。

巴音郭楞蒙古自治州则坚持“自繁自育为主、异地引进为辅”的工作方针，科学分布改良区域，充分发挥巴音布鲁克草原畜牧业培养优良畜种的优势，逐渐建立以牦牛、白牦牛、巴音布鲁克黑头羊、绒山羊和焉耆马的五大畜禽良种的繁育和推广体系。(www.daowen.com)