政策可能会产生并非政策目标所确定的政策效果，也就是出现了政策的外在的或附带的作用，这种作用可能是正面的，也可能是负面的。就开发区政策而言，一些预期之外的负面作用主要包括：

（1）税收利益流失

开发区最主要的政策手段之一是区内实行特殊的税收优惠。税收优惠使得开发区区内与区外企业的税负水平相差很大，形成了开发区的低成本集聚优势。经济技术开发区内的生产型外商投资企业不仅可以享受大大低于其他一般地区的所得税税率，而且可以享受“免二减三”的税收优惠期以及其他的相关优惠。据国家审计署对611户企业2004年度所得税负担情况分析，经济技术开发区区内和区外企业的平均所得税负担率分别为11%和27.9%，相差16.9个百分点^[33]。

就开发区而言，开发区希望通过税率降低以及短期的税收让利吸引外资入驻，而对于外资企业的长期税收以及其他就业、技术方面的正面效果抱有较高的预期，但部分外资企业进驻开发区的主要动机却是为了获取短期税收让利，一旦“免二减三”的所得税优惠期满，便转移至其他开发区内，以享受新一轮的税收减免。此外，一些外资企业还利用关联交易，高进低出等手段规避税收，比如通过跨国公司内部的国际交易进行转移作价（transfer pricing），抬高成本或压低利润，造成开发区的税收流失。许多外资企业连年亏损^[34]，另一方面却不断追加投资，扩大经营规模。这种“长亏不倒”的现象显然不符合市场经济的法则和企业经营的常规。由此可以推断，某些外资企业的“亏损”只是一种假象，主要是为了逃避纳税。

（2）企业行为扭曲

开发区的税收优惠造成了内外资企业的税负不平等。据有关的税收政策，经济技术开发区内的外资企业所得税税率为15%，而内资企业约为30%；外资可以享受“免二减三”的所得税优惠，而内资企业往往不能享有。高新区内，生产型外资企业自盈利之日起，2年免征企业所得税，其后3年减半征收企业所得税；但对新办内资高科技企业，自投产之日起，只能在2年内减免企业所得税。税收政策优惠还表现在操作层次上的税收征收方式上（湛柏明，2004）^[35]：对中国企业，超过一定数额的员工工资不能计入成本，而应当视为利润的一部分，从而不仅员工应当缴纳相应的个人所得税，企业还要为此缴纳相应的企业所得税。但是这种做法却没有适用于外资企业给其员工的工资，外资企业的员工工资都可以不视为企业利润，从而不必缴纳相应的企业所得税。(www.daowen.com)

这种不平等导致了预期之外的内资企业“寻租”行为的产生。一些内资企业为了能够享受与外商投资同等待遇，通过境外注册“离岸公司”的形式，获得外商身份后回国投资。这也是不少开发区最近几年源于加勒比海地区的英属维尔京群岛、西萨摩亚、开曼群岛等地区的外资数量大幅增加的重要原因。

此外，不平等的内外资税收待遇客观上将内资企业置于不利的境地。由于税负过重而难以提高职工工资，外资企业却由于税负较轻而乐于给其员工高薪，造成内资企业的技术人才、熟练工人流失，许多技术人才宁愿在外企工作而不愿自己创业，严重影响开发区创业意识的形成与创新活动的繁荣。

（3）地方福利损失

典型的如因污染型企业进入而对地方生态环境的破坏，低价征用土地造成征地伤农，等等。除了这些显性的影响之外，还存在一些隐性的福利损失，比如：由于工业用地亏本和无利润经营，一些开发区在最近几年加大了生活性用地开发的力度，希图通过经营性用地价值的最大化来部分弥补工业用地开发的亏损。但这种方式将工业用地低价出让的成本通过商业性房地产开发来平衡，实质上是以生活补贴工业，牺牲了地方社区的利益，使得地方财富的积累、社会福利的增加，与经济增长的程度更加不对称。