开发区因其辉煌的经济发展成就而广受赞誉，但同时，开发区也正遭遇着越来越多的来自社会各界的质疑。其中，被关注最多的在于以下两个方面：

（1）开发区过多过滥，土地开发失控

国家级开发区的巨大示范作用引发了各地各级政府设立开发区的热情，20世纪90年代初期曾出现过一次“开发区热”^[2]，虽然自1993年起国家陆续对全国各类开发区进行整顿和清理，关闭了一批不合格的开发区，并加强了对今后新设立开发区的审批。但是，各地方为了追求在吸引投资、上缴税收、解决就业等方面的利益，仍然采取各种方式在沿高速路两侧、市区边缘、原有的开发区内部等地段设立名目繁多的各类开发区。至2000年前后，“开发区热”现象再度兴起。据统计，截至2004年8月，我国有各类开发区6866个，其中，国务院批准设立的开发区171个，省级政府批准设立的开发区1094个，其余的5601个开发区都是市、县、乡政府和各级部门擅自设立的^[3]。

开发区的过多过滥带来了土地特别是耕地资源的巨大浪费。据统计，这6866个开发区规划面积达到3.86万km2，超过2003年全国现有城镇建设用地面积的总和（3.15万km2）。2003年国务院五部委联合督察组的检查统计显示，开发区占用的土地中55%以上的是耕地，有的开发区占用耕地的比例高达80%以上^[4]。而至2003年底，全国耕地面积已降至18.51亿亩，低于国土规划2010年耕地的保有量以下^[5]。许多地方属于违法授予开发区土地供应审批权，开发区用地未批先用、非法占用、违法交易的现象十分严重^[6]。

开发区占用的大部分耕地实际上也并没有得到妥善的开发。根据国土资源部的数据，在全国省级以上900多家开发区中，国家批准规划的土地面积共2万km2左右，而直到2003年初，已开发面积仅占规划总面积的13.51%，即2700 km2左右；即便在国家级开发区，以建筑容积率表示的土地利用强度也只有0.2367；开发区已经占用的土地平均只有57%得到有效利用^[7]。(www.daowen.com)

伴随开发区土地开发的失控还有征地伤农事件的频发。开发区占用耕地面积累计超过1400万亩，以我国人均耕地1.51亩的水平计算，约有近千万农民因开发区建设而失去土地。根据《土地管理法》规定，征用耕地的补偿费用主要包括：土地补偿费（一般为土地征用前3年平均产值的6至10倍，补偿款项为农村集体经济组织所有）、安置补助费（一般前三年土地平均产值的4到6倍）、地上附着物和青苗补偿费。按照这一标准，对农民的补偿实际上很难满足从此割断与土地的联系、面临新的生计、基本生活保障等问题的失地农民的需求^[8]。加之部分开发区还存在将土地低价征收高价卖出、因低价供地没有足够的资金用来兑现对失地农民的补偿、部分地区补偿金被截留等现象，导致了大量社会问题的产生。

（2）开发区政策优势减少，恶性竞争加剧

开发区自建立以来的持续高速发展主要得益于作为“经济特区”的地位，但随着我国经济体制改革与市场化程度逐步深入，这一优势正在逐渐减少甚至完全消失。根据WTO规则，除特殊领域外，成员国之间的产品、服务和投资均享受国民待遇，政策均等或普惠的趋势已经十分明显，过去为开发区所特有的优惠政策越来越少，加之一些特殊政策也不断被区外拷贝，开发区越来越呈现出“特区不特”的特征。

在一定时期内进入外资数量有限的情况下，各开发区之间为吸引外资展开了激烈的甚至是恶性的竞争。各地在土地供应上完全不按市场经济规律运行，而是给足优惠政策，以低于成本价甚至零地价供地；同时，还推出各种税收减免、配套融资、政府提供启动资金等优惠政策，以吸收更多的外来投资。2006年6月27日，国家审计署审计长李金华向全国人大作审计工作报告，报告显示，在被调查的87个开发区中，有60个违规低价出让土地7873万m2，流失土地出让金55.65亿元，一些地方甚至在国务院明令禁止低价出让土地的情况下，采取先按国家规定签订土地出让合同，再返还土地出让金或者给予财政补贴等手段，变相低价出让土地；有65个开发区制定了明确的财政返还政策，共达622条；有79个开发区向企业返还120.15亿元；此外，各地还普遍存在扩大优惠政策范围的问题，由此导致国家税款流失66.47亿元。上述三项合计，除了正常减免税以外，国家利益流失达240亿元之巨。而与此同时，这些做法还造成了本地企业与外来投资者的不平等竞争，据审计署对611户企业2004年度所得税负担情况分析，区内企业和区外企业的平均所得税负担率分别为11%和27.9%，相差16.9个百分点^[9]。一些外来投资企业，在优惠政策期限过后就转移它地，或改头换面成立新公司。企业投资行为短期化，恶化了开发区的经济发展状况。