1978年12月，党的十一届三中全会召开，我国开始实行对内改革、对外开放的政策。党和政府的工作重点也逐步转移到经济建设上来，经济体制改革不断推进，政府职能也在不断转变，包含航政在内的交通行政得以稳健发展。

1978年至1980年底这段时间，交通部对部内水运交通管理机构和职能做了以下3次调整：

（1）1978年3月，交通部将原水运局一分为二，分别成立港口局和水运局。港口局分管港机、燃油供应、理货、港监等业务；水运局分管调度、商务（运价、货运、客运）、船舶技术等业务，直属海运和长江航运业务归口水运局管理。水运基本建设局一分为二，分别成立航道局和基本建设局。

（2）1979年3月，交通部撤销港口局，将港口局的职能（不含港监部分）并入水运局。同时，成立水上安全监督局，有关港监、环保工作由其负责。

（3）1979年10月，除保留水运局、水上安全监督局两个职能部门外，设立港务监督局（对外称中华人民共和国港务监督局），履行港口监督的职能。(www.daowen.com)

进入20世纪80年代，改革交通运输管理体制成为当时交通部的重要工作内容。1984年，交通部提出以“转、分、放”（“转”是指交通部和各级交通部门要从生产业务型转到行政管理型，真正发挥政府职能部门的作用；“分”是指要坚决实行政企分开，简政放权；“放”是指下放企业到中心城市和放权给企业，使得企业更有经济活力）和“实现两个转变”（一是从主要抓直属企业转变到面向整个交通运输行业，加强行业管理和指导；二是从直接抓企业的具体生产经营活动转变到抓好行政管理）为主要内容的改革设想，得到了党中央和国务院的肯定。政企分开、简政放权、转变职能、加强行业管理成为改革目标。进入20世纪90年代，建立社会主义市场经济体制成为我国经济体制改革的目标，政府改革的重点继续是转变职能，建立具有中国特色、适应社会主义市场经济体制要求的行政管理体制。21世纪以来，我国社会主义市场经济体制已逐步确立，国民经济保持快速发展，并与国际经济全面接轨。继续深化改革，完善体制机制，不断提高交通行政现代化水平，推动交通经济发展方式转变成为这一时期我国交通行政的发展方向。在上述背景下，我国航政管理体制不断健全完善。

在港口管理体制方面，1984年开始，交通部在基于前期大连港港口体制改革试点的基础之上着手在全国范围内进行改革，对交通部直接管理的港口实行“交通部和地方政府双重管理，以地方领导为主”的新管理体制。港口改革从1984年天津港试点开始到1988年底，对除秦皇岛外的沿海和长江干线38个港口分4批完成。同时，改革港口的投资体制，1984年开始实行“以港养港、以收抵支”的政策。1996年，国务院审查并批准了交通部提交的《深化水运管理体制改革方案》，其中决定港口按照政企分开原则设立行政管理机构，作为当地政府职能部门；将政企合一的港务局，改组为港口企业，成为自主经营、自负盈亏、自我发展、自我约束的经济实体；改革港口财务制度，与新财税制度接轨。2001年11月，国务院办公厅发出《关于深化中央直属和双重领导港口管理体制改革意见的通知》，决定所有中央直属和双重领导的港口全部下放地方管理，同时实行政企分开。港口下放后原则上由港口所在城市人民政府管理。需要省级人民政府管理的，由省级人民政府按照“一港一政”的原则确定管理形式。港口下放后，实行政企分开，港口企业不再承担行政管理职能，并按照建立现代企业制度的要求，进一步深化企业内部改革，成为自主经营、自负盈亏的法人实体。港口财务管理由“以港养港、以收抵支”改为“收支两条线”，取消港口企业定额上缴、以收抵支的办法，同时按规定征缴港口企业所得税。2003年，《中华人民共和国港口法》出台，并于2004年1月1日起施行。我国新的港口管理体制就此以法律的形式固定下来［20］。

在内河航运管理体制方面，1982年全国交通工作会议，对长江航运管理体制改革提出相关要求：政企要分开，行政管理要集中统一，分级管理，对企业要下放权力，实行独立经营；要实行港航分开，大港口要由交通部统一管理；长江的航运、装卸企业要实行多家经营或组织联合经营。1982年5月，交通部向国务院报送《关于长江航运体制的改革方案》。1983年3月，国务院正式批准长江航运体制改革方案。随后，长江航运体制开展改革。1983年12月，完成组建长江航务管理局和成立轮船总公司的工作，两机构从1984年1月1日开始正式办公。长江航务管理局是交通部的派出机构，统一负责长江干线的航政、港政、航道整治管理、发展规划、船舶监督检查、船员考试发证、水域防污、港航事故处理和运输市场管理等工作。长江轮船总公司是交通部直属一级独立核算的运输企业（1992年，经国务院批准以长江轮船总公司为核心成员组建了中国长江航运集团；1996年，更名为中国长江航运（集团）总公司；2009年，与中国对外贸易集团总公司实施战略重组成中国外运长航集团有限公司；2017年，中国长江航运集团有限公司调整为招商局集团二级公司）。在港航分管的基础上，航运企业实行多家经营，港口全部对社会开放，并开始将一些中小港口下放给地方。1987年8月，国家经委和交通部联合上报《关于长江港口管理体制改革的请示》，同年11月获得国务院批准。1988年，南京、镇江、武汉、九江4港分别下放给所在城市。1989年，交通部直属的长江干线26个重点港口全部下放当地政府，实行交通部与地方政府双重管理，以地方为主的管理体制。1996年，国务院批准的《深化水运管理体制改革方案》中明确要成立长江航运管理委员会，由交通部牵头，水系各省、直辖市人民政府参加，作为决策、协调机构，统筹决定长江水系航运发展和管理的重大事项。进入21世纪，为建立长江口航道建设、管理、养护一体化的长效管理机制，交通部自2003年开始进行长江口航道管理体制改革，拟将长江口航道建设有限公司调整为长江航道管理局，负责长江口航道的规划、建设、维护、管理和有关科研工作。2005年6月，长江口航道管理局正式成立。在除长江外的主要内河航运管理方面，1983年，经国务院批准，原黑龙江省航运管理局收归交通部直辖领导，成立具有政企合一性质的交通部黑龙江航运管理局（2000年末，交通部黑龙江航运管理局下放地方并实行政企分开），统管黑龙江水系各项航政等工作。1986年，组建珠江航务管理局，作为交通部在珠江水系派出的行政管理机构。

在水上交通安全监督管理体制方面，长期以来，我国的水上安全监督机构隶属于各港务局。20世纪80年代，交通部在进行直属港口体制改革的同时，也根据海上交通管理和安全监督的需要，按照政企分开的原则，将港口安全监督和行政管理部分的工作从港务局划出，组建海上安全监督局，以进一步加强海上交通安全管理。先后将隶属于沿海各港务局的17个港务监督、15个海上无线电通信机构和3个隶属于航道局的航标测量处划出，组建了大连、上海、宁波、广州等14个海上安全监督局（对外仍保留中华人民共和国港务监督局名称），实行交通部与所在城市双重领导，以交通部为主的管理体制。1996年，国务院批准的《深化水运管理体制改革方案》确定了水上安全监督体制改革的原则。1998年开始推进实施具体的改革。正是在本轮改革中，中华人民共和国海事局（交通部海事局）在中华人民共和国船检局（交通部船舶检验局）和中华人民共和国港务监督局（交通部安全监督局）合并的基础之上成立。1999年10月，国务院批准并发布《国务院办公厅关于印发交通部直属海事机构设置方案的通知》，明确交通部在沿海省（区、市）和主要跨省内河干线及重要港口城市设立直属海事机构（当时共设置20个交通部直属海事局）。此外，全国31个省（区、市）（不含港澳台地区），有27个省（区、市）设置了地方海事机构（广东、海南、广西、黑龙江四地全部水域由交通部直属海事机构管理）。至2005年6月西藏地方海事局正式挂牌成立，全国水上安全监督管理体制改革工作全面完成。