1953年至1957年，是我国实施国民经济第一个五年计划、对私有生产资料进行社会主义改造、确立计划经济体制的时期。这一阶段，根据中共中央提出的中心任务和制订的各项方针政策，我国航政管理体制也做了必要调整和改革，建立并加强了以计划生产管理为中心的“集中统一、分级管理、政企合一”的计划经济管理体制。

1953年4月，交通部颁布《关于调整海运系统的组织机构和领导关系的指示》，决定实行港、航分立的管理体制，确定交通部直接管辖沿海和长江、珠江、黑龙江的主要港口，其他港口均由地方交通主管部门管理。相关内容主要包括［19］：

（1）部所属之海运管理总局作为专业机构，代表部领导海运系统的一切生产单位和辅助生产单位。

（2）大连、天津、青岛、上海、广州五港结束地方代管后，均由海运总局直接领导，但同时应接受地方市政府在政治上的领导和业务上的监督指导。为方便对中型港口的管理，决定仍实行分区领导，即大连区局直辖安东、营口两港，青岛区局直辖烟台、龙口、威海三港，天津区局直辖塘沽办事处和秦皇岛分局（1954年，根据秦皇岛港业务发展需要，秦皇岛港改为由交通部海运总局领导，将原交通部天津区港务管理局所属秦皇岛分局改名中央人民政府交通部秦皇岛港务管理局），上海区局直辖连云港、宁波、温州三港，广州区局直辖汕头、湛江、海口、榆林等港。其余各地的港口及渔港由各省交通厅或航务局管理。

（3）华东、北洋两海运区局合并后改称中央人民政府交通部上海海运管理局，主要统一经营管理长江口以北各航线。华南区海运局改为中央人民政府交通部广州海运管理局，经营管理华南各航线。原由海运局所办理之收发货物、代理业务全部移交港务局办理，海运局在各港之分支机构亦合并于港务局统一领导。

1954年1月，政务院公布实施《中华人民共和国海港管理暂行条例（修正草案）》，其中规定在沿海港口由交通部根据贸易、运输需要，并就其吞吐任务、设备能力，分别设置港务管理局、分局、办事处（统称港务局）。1954年4月，交通部批准海运总局发布《中央人民政府交通部海运管理总局海运管理局、港务管理局相互关系、责任、规章》，对海运管理局和港务管理局的关系进行理顺，该文件明确了海运管理局和港务管理局在海上客货运输与船舶服务方面的相互关系、责任及结算办法。

除上述改革外，在社会主义改造时期，交通部在航道管理、外轮代理管理等方面也做了进一步调整。1956年，交通部成立航道管理局，之后还批准成立长江、珠江、黑龙江、上海、天津航道管理局，负责各江及沿海港湾航道工作。1953年1月，将各对外开放港口中独立经营的外轮代理机构归并统一，进而成立各港务局领导的外轮代理分公司，并在交通部海运总局内设远洋运输科（对外称中国外轮代理总公司）。1956年，中国外轮代理总公司完善建制，成为主管海洋运输代理业务的全国性机构。

1958年至1965年，是我国“大跃进”运动和国民经济调整的时期。这一时期，国民经济发展因“大跃进”遭受严重挫折，但随后展开的经济调整使得形势逐步好转。这一阶段，航政管理体制也经历了不少变动。(www.daowen.com)

“大跃进”时期，交通部提出“全党全民办交通”的总方针和“水陆空运大跃进”的总任务。根据中央决定扩大地方事权的指示精神，交通部在1958年两度下放直属企事业单位。除长江干线的船舶、长江口以北沿海大港运输船舶以及上海海运局（包括上海船厂）仍实行以中央为主、地方为辅的双重领导外，其余全部下放地方。沿海港口下放地方6个，长江港口下放3个。

从1958年11月开始，中共中央开始纠正“大跃进”运动中的问题。1960年底，中央开始对国民经济进行整顿。1961年1月，中共八届九中全会正式确定对国民经济采取“调整、巩固、充实、提高”的八字方针。1958年交通部大规模下放的直属企事业单位，1961年开始逐步收回。水运企事业单位收回后面临着重建管理体制的问题。1962年，交通部制定《水运工作贯彻“七十条”的补充规定（草案）》，对水运企业实行交通部统一领导下的区域管理体制，将中央直属水运干线划分为北方沿海、南方沿海、长江3个航区，按航区分设管理局。航区管理局既是联合企业，统一管理航区内的船舶、港口、航道、航务工程等企事业单位，也是本航区的航运管理机构，负责监督国家有关航运政策、法规在本航区的贯彻执行。

1964年，为推动长江航运的企业经营与行政管理工作的分开，同年4月，交通部党组向国家经委和总理报送《长江航运公司（托拉斯）实施方案的报告》，提出有必要成立托拉斯性质的长江航运公司，将由长江航运管理局管辖的港务监督、船舶检验等航政管理工作同企业经营分开。国家经委批准了交通部的方案并指示立即试办。为明确交通部与长江航运公司间的职权划分，1965年12月，交通部还颁布了《交通部和长江航运公司职权划分的规定》，确定交通部主要以战略指挥为主，重点掌控方针政策。

在“大跃进”和国民经济调整阶段，为促进远洋运输发展，1958年8月，交通部将水运总局（由海运总局发展而来）国际业务处改为远洋运输局，对外称为远洋运输总公司，承担远洋运输职责。1964年，在上海建立中国远洋运输公司上海分公司。1965年，将远洋运输局驻广州办事处改为中国远洋运输公司广州分公司。此外，这一阶段，交通部还加强了外轮理货管理。1962年，交通部发出《调整外轮理货公司体制的通知》，要求各港成立独立的外轮理货公司，与港务局分开，直接受交通部水运总局领导。但受条件限制，外轮理货公司采取由港务局代部领导的过渡形式。

1966年5月，“文化大革命”全面发动，而后持续十年。1966年至1976年是我国的一个特殊历史阶段，在这场所谓的“文化大革命”中，社会长时间动乱，国民经济发展缓慢。国家的交通行政和交通事业发展受到严重干扰，航政管理自然也难以独善其身。

受“文化大革命”的严重冲击，交通部的行政工作在1966年末至1967年5月基本陷入瘫痪。为维持全国交通运输的正常运转，1967年5月底，中央决定对交通部实行军事管制（1967年6月至1970年6月是交通部实行军事管制时期）。1967年12月下旬，中央发出《关于对长江航运系统实行全线军事管制的决定》，长江航运就此实行军事管制。交通部军管会设有“抓革命”“促生产”两个领导机构，后者是生产指挥部，行使交通部行政职能。1970年6月，铁道部、交通部、邮电部的邮政部分（1973年邮电部恢复建制，邮政总局重归邮电部）三部合并，定名为中华人民共和国交通部，同时，成立交通部革命委员会。1970年6月至1975年1月是交通部的“三部合并”时期［19］。这一阶段，交通部对部分港务局、设计院和航务工程局进行了调整下放。如北海港务局下放给广西壮族自治区管理，水运规划设计院迁至武汉与第二水运工程设计院合并，划归第二航务工程局领导，改称为交通部第二航务工程局领导设计研究院。为集中管理远洋运输工作，1972年2月，交通部向国务院请示重新组建中国远洋运输总公司，同时亦作为中国外轮代理总公司。1974年10月，交通部恢复远洋运输局。该局为一个机构，三块牌子，即远洋运输局、中国远洋运输总公司、中国外轮代理总公司。远洋运输局具有行政和企业双重行政，既是部机关的一个职能部门，又是部属企业机构，其编制属于企业，经费由企业开支。

1975年，交通部与铁道部分开，交通部恢复建制。这一年，航政管理工作中特别值得一提的是，国务院批转交通部《关于调整长江航运管理体制的报告》，同年7月，交通部下发长江航运公司体制调整的批复。1964年成立的长江航运公司从1975年9月1日起恢复为长江航运管理局，并成立重庆、上海、武汉、南京、芜湖分局。长江航运公司所属各港务局均改为港务管理局，武汉、南京港务管理局由长江航运管理局直接领导，其余港口分别划归各有关分局领导。