1949年10月1日，中华人民共和国成立。中央人民政府交通部在原华北人民政府交通部基础上组建，并开始办公。新组建的交通部行政工作的重要开端就是于1949年11月19日在北京召开全国首届航务、公路会议。会议的一个重要内容就是初步议定交通部直属公路水路运输系统的组建方案。基于会议的议定内容，政务院1950年2月发布《关于1950年航务、公路工作的决定》，其中，确立全国航务管理体制如下［19］：

（1）在交通部下设航务总局及国营轮船总公司（1951年更名为中国人民轮船总公司），领导航务建设、航务管理与航运工作。

（2）在沿海主要港口及长江设置航务局，即天津区航务局、营口区航务局、上海区航务局、广州区航务局和长江航务局。以上各航务局在交通部航务总局的直接领导下展开工作，但根据具体情况与领导上的便利，由交通部暂行委托各大行政区或省、市代管。

（3）国营轮船总公司（将旧招商局业务归并）设于上海（后于1951年迁至北京与交通部航务总局合署办公），统一掌管国营轮船运输业务。

（4）内河航运管理方面，跨越两大行政区^[18]以上的内河航运，由交通部航务总局直接管理。跨越两省以上的内河航运，由大行政区交通部设立内河航运局直接管理，并接受所经各省交通厅的指导。一省之内的航运，由省交通厅管理。但与跨越两省以上内河相通且能通行轮船的，按实际情形，由大行政区交通部或中央交通部航务总局直接管理。

1950年7月，政务院财经委员会发布《关于统一航务港务管理的指示》，决定成立港务局，初步统一港务、航道及港监管理。具体包括以下方面［19］：

（1）成立大连、天津、青岛、上海、广州5个区港务局及其分局或办事处。区港务局为中央人民政府所属机构，其中大连、天津、上海、广州4个区港务局暂托当地人民政府代管。(www.daowen.com)

（2）港务局根据中央人民政府交通部颁布的规章，统一管理航道、码头、仓库、引水工作和人员、规费征收、船舶登记与检查、轮船业登记、船舶进出口审批以及气象水文观测资料收集与发布、海事处理、船员考核等各项工作。

（3）港口货物出入口检查及有关关税征收、港内外治安、港口防疫等工作分别由海关、水上公安、卫生部门负责。各有关部门在港口成立联合检查处，由港务局局长统一领导。港务局应与海军、海关、公安、卫生等部门加强联系，协调各项工作。

此外，由于历史原因，海港河道灯塔浮标管理、航道疏浚等事务在旧中国一直在海关的管理范围之内。1950年1月，中央人民政府政务院通过《关于关税政策和海关工作的决定》，其中就决定将管理“海港、河道、灯塔、浮标、气象报道等助航设备的职责，连同其工作人员、物质、器材，全部移交中央人民政府交通部或省市港务局”。1950年11月，海关总署按照相关规定，将海关管理的航标移交交通部航务总局，其中港口航标移交各港务局，长江航标移交长江航务管理局，从此结束了长达80多年由海关管理航标的历史。交通部航务总局为接管航标成立了海务处，在沿海组建青岛、上海、厦门、广州4个区海务办事处；长江中游、上游和下游分别由长江航务管理局江务处、重庆和南京分局江务科管理，并建立分级管理体制。由此，海上航标与内河航标分开管理。

1951年3月，第二届全国航务会议召开，根据会议议定并经政务院批准，交通部设置专业管理局以加强港口与航运生产的统一管理。1951年8月，交通部撤销航务总局及中国人民轮船总公司，分设海运总局、河运总局和航道工程总局。在沿海分设北洋、华东和华南区海运管理局，同时在保留长江航务管理局外，另设黑龙江航务管理局和珠江航务管理局。由此，沿海和内河均实行分区统一管理港口和航运生产的体制。

根据第二届全国航务会议决定，水上安全监督体制也开始创立。交通部内设船舶登记局，负责船舶登记及技术检查事宜。此外，在海运总局设置海务监督处，各海运企业内设海务监督处（室、科），在沿海港口设置港务监督科、室，在河运总局设置航行监督处，内河航运企业设置航行监督处（科）或安全科。根据交通部指示，地方交通主管部门逐步采取相应措施，成立相关机构。