抗日战争胜利后，国民政府在航政管理方面基本恢复战前的管理体制，交通部航政司继续执掌全国的航政事务。航权和航政管理权进一步回收。1946年1月，国民政府交通部颁布《外国人所有小轮船行驶内河规则》，规定外国所有小轮船不得在内河经营有收益的客运业务及驳船拖带业务等。同年5月，国民政府行政院发出收回外商在中国沿海各开放口岸租用码头水面权的指令。就在航权和航政管理权相继回收之时，1946年6月，国民党军队挑起全面内战。西方列强视中国内战为其重新在中国攫取特权的难得机会。

为在内战中取得美国的大力支持和援助，1946年11月4日，外交部部长王世杰代表国民政府与美国驻华大使司徒雷登在南京签署《中美友好通商航海条约》。这一有着30多条内容的不平等条约，使得美国重新获得在中国江海的航权及航政管理权。涉及侵犯中国航权及航政管理权的条款包括“凡船舶悬挂缔约此方之旗帜，并备有其本国法律所规定之国籍证明文件者，在缔约彼方之口岸、地方及领水内，以及在公海上，概应认为缔约此方之船舶。本约中所称‘船舶’，应解释为包括缔约任何一方之一切船舶在内，不论其为私有或私营者，抑为公有或公营者……”“缔约此方之船舶，应与任何第三国之船舶，同样享有装载货物前往缔约彼方对外国商务及航业开放之一切口岸、地方及领水之自由”“缔约此方之船舶及载货，在缔约彼方之口岸、地方及领水内，不论船舶之出发口岸或目的口岸为何，亦不论载货之产地或目的地为何，亦各方面，概应给予不低于该缔约彼方所给予其船舶及载货之待遇”“缔约此方之船舶，应许其在缔约彼方对外国商务及航业开放之任何口岸、地方或领水内，起卸一部载货，再将余货运往上述之任何其他口岸、地方及领水，无须缴纳异于或高于本国船舶在同样情形之下所应缴纳之吨税或港税……”“……缔约双方同意，缔约此方之船舶，在缔约彼方领土内关于沿海贸易，及内河航行所享受之待遇，应与对任何第三国船舶所给予之待遇，同样优厚……”等内容。条约表面上双方享有对等权利，而实际上由于当时中国的远洋运输极不发达且生产落后，根本无法与美国平等地实现其中规定的权利。通过该条约，全中国领土均向美国开放。该条约的签订给中国的主权、政治和经济利益带来了极大的损害。

《中美友好通商航海条约》一公布，立即激起中国人民的坚决反对，举国上下反对浪潮一浪高过一浪，很快就与全国人民“反独裁、反内战”的斗争相互呼应。1946年11月26日，《解放日报》发表《评美蒋商约》社论指出，蒋介石政府与美帝国主义在南京签订了《中美友好通商航海条约》，这是历史上最可耻的卖国条约，是蒋政府把中国作为美国附属国的重大标志之一，是中华民族又一次新的国耻。该商约在范围上包括了“中国领土全境”，在内容上包括了中国人民在本国领土上万难享受的各种权利。袁世凯、汪精卫所不敢做的，蒋介石为取得内战资本，现在悍然地做了。1946年12月31日，中共中央为此发出指示，提出要“造成最广泛的阵容”，“采取理直气壮的攻势”，“使此运动向孤立美蒋反对美国殖民地化中国之途展开”。面对全国人民的强烈反对，国民政府不敢贸然完成条约的批准手续。所以，《中美友好通商航海条约》最终未能正式生效，这是中国人民在维护国家航权与航政管理权斗争中取得的又一胜利。但为了满足内战需要，国民政府事实上在偷偷地执行着这一未生效的条约。

丧权辱国的《中美友好通商航海条约》(www.daowen.com)

由于全国人民的强烈反对，国民政府没有完成《中美友好通商航海条约》的正式批准手续。但是，为了满足内战的需要，国民政府事实上在偷偷地执行着这一未生效的条约。国民政府允许美国参与并控制中国的航运业。

1946年，国民政府行政院善后救济总署（简称“行总”）以运输救济物资为名，向美国租借船只，总运力多达20余万吨，并组成一个专门的运输机构，定名为行政院善后救济总署水上运输大队（简称“行总水运大队”）。行总水运大队实际上由美国人掌握实权，船上的高级船员及大部分水手均来自美国等外国。相关船舶悬挂英国旗帜。行总水运大队的船舶可在广州、上海、天津等沿海港口与长江各口岸自由航行。20余万吨的船队，每月运输救济物资仅6000～7000吨左右，剩余的运力用来招揽商货进行承运，抢中国本土商船的生意。

1948年5月，美国政府组建“经济合作总署中国分署”，总部设在上海，在广州、天津等地设办事处。这个所谓的“中国分署”实际上是美国对中国推行侵略政策的据点以及进行经济掠夺的“参谋部”。