1927年，南京国民政府成立，成为当时中国名义上统一的中央政府。迫于中国人民和政府的压力，列强不得不放弃在海关兼管体制下的部分航政管理权，国民政府得以收回部分航权和航政管理权。南京国民政府尽管表面上统一了中国航政，但由于列强阻挠，军阀混战，中国航政格局实际上仍是多种势力并存，多头管理，各自为政。

南京国民政府成立后，各地收回航权、航政管理权的斗争再次掀起高潮，遍及社会各个阶层。爱国人士和一些政府官员也均强调收回航政管理权的重要性。国民政府内不少人士也意识到：首都濒临长江下游，非先肃清敌国在长江之海军与航运力（包括航政管理），一旦开战难免遭敌人的炮击。所以，收回航权即保卫国土。航权收回以后，后方根据地才能巩固。民众与各地航商就收回航政管理权公开发表言论和文章，认为欲整顿全国航政，须先收回管理航政之权；航政管理权操在外国人手里，会致“查验、纠纷均失其平衡”，“中国航商多受其痛苦，使航业愈难发展”，并极力主张撤销海关理船厅。

南京国民政府设置有交通部，下辖航政司，管理航政事务。但由于海关实际控制航务，航政司无法行使职权。因此，交通部重点要收回的是海关兼管的航政权。当时交通部认为这项权利既然是委托代管，并非受条约的拘束，是比较易于收回的。交通部需要寻找时机，向海关施加压力。1928年初，海军总司令部酝酿收回海政管理权，对海关兼管海政一事首先发难，这为交通部提出收回航政管理权提供了契机。1928年2月，海军总司令杨树庄^[17]提请增设海政筹备处。他对海关兼管海政表示不满，认为收回海政管理权刻不容缓。这引发了国民政府对于海关兼管海务事权的讨论。同年3月，国民政府会议讨论后，决议交国民党中央政治会议。国民党中央政治会议以此事涉及外交、财政、交通三部管辖范围，要求先交三部讨论。国民政府遂训令三部与海军总司令部会同商讨。各部当即派员参加会议，均认为杨树庄的提议“洵属当务之急，不容视为缓图”。在筹备海政的过程中，海政、航政如何划分，成为一个必须解决的问题。1929年7月，交通部拟出具航政海政划分大纲。同年8月，国民党中央政治会议第190次会议通过《航政根本方针案》，主要内容包括：第一，确立航路国有政策。港政由中央主管机关主持负责施行，港务归地方管理，“惟仍应受中央主管机关所派委员指挥监督”。第二，“向由海关代管航政各部分暂行仍旧，惟须同时受中央主管机关之指挥、监督”。海关代管海政部分，已归海军部指挥者，不在此内。第三，确定航政范围。第四，应速收回航权。需要指出的是，《航政根本方针案》中有关“海关代管航政各部分暂行仍旧”的规定，表明南京国民政府的航政管理权有其名而无其实，还是受到列强的掣肘。

面对列强的压力，中国人民并没有停止收回航政管理权的脚步。1930年，蔡元培先生发表了航政实施方案的演说，提出航权、航政、航政管理权应完全收回等一系列爱国主张。1930年国民政府公布修正后的《交通部组织法》，规定航政司掌管如下相关内容：关于航政及航行标志之管理监督事项；关于管理并经营国营航业事项；关于监督航政事项；关于船舶发照证册事项；关于计划筑港及疏浚航路事项；关于管理及监督船舶造船事项；关于船员待遇事项；关于其他航政事项。《交通部组织法》为国民政府收回航政管理权提供了法律支持。同年，交通部拟具《航政局组织条例草案》，后经立法院讨论，通过《交通部航政局组织法》，并于同年12月由国民政府公布。此后交通部提请修正，立法院再次讨论，于1931年9月由国民政府公布修正的《交通部航政局组织法》，共十四条。1930年12月《航政局组织法》公布后，交通部便开始着手在地方设置航政局。1931年7月1日，上海航政局正式成立，汉口、哈尔滨、天津各航政局亦随即成立。航政局成立后，即着手与海关商量具体接管事务。航政局的成立及接收海关移交职权，标志着国民政府交通部在收回航政权问题上取得了实质性进展［18］。不得不提的是，交通部航政局在统一管理航政的过程中仍面临诸多问题。就海关代办航政权的收回而言，航政局的设置亦只是初步实现目标，海关理船厅并未裁撤，仍兼管航路标识、船舶指泊等部分航政事务，直至国民政府垮台，这种局面都未曾改变。此外，对于航政局管理航政事务，外轮并不买账，甚至一度形成外交事件。(www.daowen.com)

严格意义上讲，从海关手中收回航政管理权，只涉及中国政府部门之间管理权的移交，不是从外国政府手中恢复已被攫夺的主权。但由于近代中国海关被列强控制，中国政府对这些事务并不能自主处置，且有些事务或明确规定在中外条约上，或与条约存在某种关联，因此，海关有时亦不能自由管理，而受制于外国领事、公使。从海关手中收回管理权实质上带有摆脱列强对这些事务的干预。近代航政管理权控制在海关洋人手中，甚至受外国领事、公使干涉，无疑损害了中国的主权和尊严。历届中国政府致力于收回航政管理权，并于1931年正式设置航政局，成功收回了部分海关代办职权，开始自主开展船舶登记给照、检查、丈量等事务，一定程度上改变了航政事务受外人控制的局面，部分实现了自主管理航政的目标，部分恢复了已失主权。但必须指出的是，由于南京国民政府对外态度软弱，为获得外国支持甚至不惜以保全列强在华利益为代价。种种原因综合，最终导致了国民政府只收回部分航政管理权，另一部分权力仍操纵于外国人把持的海关理船厅手中。

1937年日本发动全面侵华战争，中国人民在不同战场开展了一场艰苦卓绝的民族解放战争。1941年，太平洋战争爆发，英、美对日宣战。同年12月，国民政府正式对日宣战，成为反法西斯阵线的重要成员。英、美等西方国家为联合中国抗日，同意改订新约。1942年10月，英、美两国同时发表声明，宣布放弃在华所享有的各种特权。1943年，中美、中英分别签订《中美新约》（全称为《中美关于取消美国在华治外法权及处理有关问题之条约与换文》）和《中英新约》（全称为《中英关于取消英国在华治外法权及其有关特权条约》），废止美、英两国历史上强迫中国签订的不平等条约，取消两国在华的治外法权及有关特权，其中，就包括沿海贸易权、航权及航政管理权、引水权等诸多内容。美、英两国还同意将两国在华经营航运事业的一切财产由中国政府收购。上述两个条约签订后，从1943年起，中国与比利时、挪威、瑞典、荷兰、法国、丹麦、葡萄牙、加拿大等多个国家签订类似条约，各国均放弃在中国内河的航运特权，各国在华轮船全部停航。至此，中国航权完全收回。然而，国民政府与欧美各国签订的新约后来并没有完全付诸实施，原因主要在于当时中国抗日战争处于最艰苦的相持阶段，很多条款一时难以实施［2］。