1911年，旨在推翻清朝专制帝制、建立共和政体的辛亥革命爆发。1912年2月，清帝退位，统治中国几千年的君主专制制度就此终结。同年，中华民国成立，以袁世凯为首的晚清北洋军阀主政中国。北洋政府是中国历史上第一个以和平的方式完整继承前朝疆域的政权，也是中国继清朝灭亡后第一个被国际承认的中国政府。但是，北洋政府时期中国仍处于半殖民地半封建社会，不平等条约依旧未被废除。再加之，国力有限，政府软弱，尽管北洋政府筹划收回航政管理权并做出一定尝试，但是航政管理权的回收仍是极为困难。

1912年，北洋政府成立后，成立了交通部接管晚清的邮传部，分总务、路政、邮电三股，其中航政事务属于邮电股管辖。同年，航政部门被单分出来，成立航政司，分设总务、航务、航业、港务四科。1913年7月交通部缩编，邮传司之航务科负责航政工作。1916年8月，交通部又重置航政司，下辖总务科、管理科、航业科和工程科四科，负责航运管理、航路标识、监督造船、船舶、船员、水上运输等管理事宜。这一设置直至北洋政府下台为止，不再有变动［17］。

北洋政府成立伊始，就草拟了《航政管理局暂行章程》，并拟统一地方航政机构，但相关举措迟迟未能落实，只停留于纸面和计划之中，列强通过海关把持航政的局面依旧未能得到改善。1913年，外籍总税务司还颁布《理船章程》，扩大海关编制，增设征税、海务、工程三股，进一步加强航政管理实权。1914年和1916年，北洋政府交通部曾多次致函海关税务处，商议收回海关兼理航政的事宜，但并无结果。1917年至1927年间，北洋政府交通部也曾就航政管理提出过一些方案。如1922年9月，交通总长高恩洪向国务会议提出，各海关监督归交通部兼辖，但这未能落地实施。(www.daowen.com)

辛亥革命后，不少省份地方政府也开始纷纷设立地方性的航政机构。这些机构与海关并行，且相对独立于中央航政管理，只对地方政权负责，管理本省范围内的江海航政等事务。例如，1911年武昌起义后，湖北省军政府设立交通司，并要求江汉关将理船厅所管辖的航政事宜交由新设的交通司进行管理。江汉关外籍税务司承诺，以后地方航务行政事宜，海关不再干预。此后，浙江、江苏、湖南、四川等省军政府（或都督府），援引湖北先例，相继成立各省交通司（或航政局、船政局），收回海关理船厅部分航政、航务管理权，管理本省的航政、航务事务。但需要指出的是，各省航政管理机构并无定制，兴废无常，名称和隶属范围也多有不一［2］。

总体来看，由于国势不振，军阀割据，西方列强在华的不平等条约没有废除。北洋政府即便有收回航权和航政管理权的主观愿望，事实上仍难以有任何实质性的进展。在沿海、长江、珠江、黑龙江等主要内河要埠设立航政机构，形成中央与地方多层级航政管理体制的计划终究是不了了之。但值得指出的是，北洋政府在收回航权和航政管理权方面所做的那些努力，为后来从列强手中收回部分航权和航政管理权奠定了一定基础。