中国内港航权和航政管理权的旁落始于中日甲午战争，这也意味着列强对中国腹地更为深入的渗透及侵占。所谓“内港”，即在当时被列强认定为1876年中英《烟台条约》中所规定的“内地”，“系指沿海、沿江、沿河及陆路各处不通商口岸，皆属内地”。所谓“内港行船”也就是意味着外国船舶可航行于中国非条约口岸的内河内港，其实质就是一种“没有开放名义的开放”。

1895年，中日《马关条约》直接侵犯了中国的内河航权。该条约第六条的第二点规定，“日本轮船得驶入下开各口附搭行客、装运货物：从湖北省宜昌溯长江以至四川省重庆府，从上海驶进吴淞江及运河以至苏州府、杭州府……”。这也就意味着即使是上述两段航程中未开放的口岸，日本轮船也可“附搭行客、装运货物”。

1898年，英国向清政府提出修改原来的《长江通商统共章程》，要求“开放内地航行于外国船只”。清政府命令大清海关总税务司赫德拟定章程。清政府本意是“拟将通商省份所有内河，无论华洋商均准行驶小轮船”，但赫德擅自篡改清政府意图，在拟定的《内港行轮章程》（又称《华洋轮船驶赴中国内港章程》）中将“通商省份”改为“中国内港，嗣后均准特在口岸注册之华洋各项轮船，任便按照后列之章往来，专作内港贸易”，并特别注明，所谓“内港”与《烟台条约》第四端所说的“内地”同义。如此一来，不论通商与否，中国所有内河内港均向外国船舶开放了。《内港行轮章程》受到清政府一些地方官员的强烈反对，清政府也认识到完全开放内港后果严重，坚持外国轮船只能在条约范围内的口岸航行。1899年4月生效的《修改长江通商统共章程》中规定：“凡有约各国之商船，准在后列之通商各口往来贸易，即镇江、南京、芜湖、九江、汉口、沙市、宜昌、重庆八处，并准按另外之专章在后列之不通商口岸起下货物，即安徽之大通、安庆，江西之湖口，湖广之陆溪口、武穴等处。除以上所列各处外，其余长江沿途各处，不准私自起下货物，如违此例，即照条约所载沿海私作贸易之条处理。”这也就是说，除非外国轮船航行经过的是清政府允许开放的内河，否则通过不被允许的内河，视为非法航行。但列强不甘就此罢休，还是不断谋划并企图最终攫取中国的内港航权和航政管理权。(www.daowen.com)

1901年，《辛丑条约》签订后，英、美、日三国根据《辛丑条约》第十一条规定的“将通商行船各条约内，诸国视为应行商改之处，及有关通商其他事宜，均行议商”，要求订立新的通商行船条约。1902年9月，中英《续议通商行船条约》签订，在附件《续议内港行轮修改章程》中规定：“……中国欲禁小轮行驶者，知会英国官员，查明实有妨碍，即行禁止英轮行驶该河，但华轮亦应一律禁止。”据此，英国轮船获得了与华商轮船一样的内河行驶权利。此外，《续议内港行轮修改章程》还规定：“内港行轮风气未开，内地居民宜令其少受惊扰，故凡内港其向未经轮船行驶者，须审察商人之便，并轮船东实见生意有利可图，方可渐次开驶。如有商人有意于商船未经到之内港设轮行驶，须先向最近口岸之税务司报明，以便转禀商务大臣，会同该省督抚，体察情形，迅速批准。”这也就意味着外轮想在中国内港行驶，只需向所在地税务司申请即可，并且地方官员要“迅速批准”。1903年，中美、中日《续议通商行船条约》相继签订。其中，中日《续议通商行船条约》更是让中国内港航权丧失殆尽。日本除享受中英《续议通商行船条约》里英国所获相关特权外，中日《续议通商行船条约》在附件中还规定：“日本各项轮船，无论大小，只以能走内港为准。此项能走内港之日本各轮船均可照章领牌，往来内港，中国不得藉词禁止此等轮船来往内港。”这打破了只许“非出海式样”的外轮行驶中国内港的限制，日本各式轮船只要能够行驶中国内港，清政府就不得阻止［15］。

随着内港航权与航政管理权的旁落，外国船舶可以说在中华大地已“畅行无阻”，无论沿海、沿江、沿河是否对外开放。中国土地上已没有对外国船、外国人可保密的地方。