公元前221年，秦始皇嬴政一统天下，结束了自春秋战国五百年来诸侯分裂割据的局面，建立了大一统王朝，秦王朝成为中国历史上第一个以华夏民族为主体，多民族共融的中央集权制国家。随着政治上的统一和“书同文、车同轨”等一系列改革举措的推行，社会生产力有了长足进步，造船和航行技术也相应地得到了很大提升。秦朝开始，漕粮运输成为国家航运活动的重要内容，“使监禄凿渠运粮”^[1]开创了中国古代航运管理的先河［1］。秦代始创漕运，其目的主要在于满足军事上的需要。漕运刚刚起步，管理仍较为粗放，当时尚未设置专理漕运、海事事务的官吏，漕运大多是由临时委派的官员兼管，沿途官吏监督相关事务，军队全程为漕船护航，保证漕运安全。

《通典·职官志》记载：“初，秦汉又有都水长丞，主陂池灌溉，保守河渠，自太常、少府及三辅等皆有其官……”都水长和都水丞均是秦朝所设的官职，在当时主要管理水利、河道，也兼管水运（主要为漕运）、海事及其他相关事务［2］。

汉承秦制，职官设置较秦代更为完备。西汉时期，中央层面总管漕运事务的官员是大司农。大司农是汉朝管理国家财政的官职。秦及汉初，设治粟内使管理国家财政，汉景帝改治粟内使为大农令，汉武帝又改为大司农。在地方，统管地方漕运的官员为都尉，如长江的夷陵都尉和江关都尉。地方上兼管漕运的武将都尉称为护漕都尉，沿途兼管漕运的县令称为将漕县令。此外，西汉时期，还将商运船舶纳入政府管理范畴，通过税收的手段来予以管理。为解决当时国家面临的财政危机，巩固封建统治，加强对匈奴的防御和反攻力量，汉武帝实行重农抑商的基本国策，并开始重用“兴利之臣”，决定向商人征收财产税。元狩四年（公元前119年），汉武帝根据御史大夫张汤和侍中桑弘羊的建议，颁布了打击富商巨贾的算缗令和告缗令［3］。《史记·平准书》中有记载：“……商贾人轺车二算，船五丈以上一算……”。其中，“船五丈以上一算”意味着船舶作为财产也是征税对象，一算为一百二十文，每年征税一次。(www.daowen.com)

东汉沿袭西汉旧制，总管河道、漕渠及漕运的仍是大司农。但由于东汉都城在洛阳，江淮、山东、河北等周边地区漕粮运往洛阳路途相对较近，漕运风险相对较小，因此，东汉建武七年（公元31年）光武帝取消了护漕都尉这一官职，不再专设司漕运的官吏，改由各郡县自护漕粮［4］。