明代（1368—1644，南明至1662年）开国时，在长江边的港口城市应天府建都，称为南京（今江苏南京市，明代南京也指今江苏、安徽两省地区）。南京作为首都历时52年，永乐十九年（1421年）迁都北京后，明朝实行两京制，南京成为留都。建都南京后，南京港运输条件改善，货物集散中转作用凸显，吞吐量大幅增加。南京城郭的建设持续20年，工程浩大，为当时世界之冠，建材除本地供应之外，大量由安徽、山东等五省水运调入。各地贡物，尤其是南中国富庶地之贡物大量汇集南京，再由水路集中发运北京。官运物资量大且稳定，仅粮食一项每年进港200万石以上。进出南京港的航线，顺长江延伸至四川，通达汉江、章江和鄱阳湖等支流，经南京附近的仪真（今江苏扬州市仪征县级市）通江口进入大运河直抵北京等沿岸港口。由于南京港集疏运长江上下游及沿海物资，故很快成为全国内河第一大港。正如《明经世文编》所称，“四方贡献，蜀、楚、江西、两广俱顺流而下……福建、浙江、直隶、苏、松等府，虽是溯流，地方甚迩”。随着永乐（1402—1424）初年疏浚和开拓长江口处的范家浜、黄浦和南跄浦3条河流，形成大黄浦（今上海市黄浦江）。上海港在新址发育成长，为中国未来第一大港奠定了基础。

元末战乱，使京杭大运河淮河以北段淤塞失修。明初仍利用刘家港以海运方式为北方边疆运粮。至永乐前期，一般年运量为50万～70万石，最高100万石。因海损事故多，于永乐十年（1412年）开始重新疏浚大运河。三年后，京杭大运河全程开通，于是停止海运南粮，刘家港海港功能暂告结束。永乐初，为筹备迁都，在北京开始大规模开建城池、宫殿、陵寝和皇家园林，北京港和天津港因运输建材、人员、粮食等需要发展更快。北京港区从元大都城内移出至通惠河的大通桥畔（今北京市东便门以东），后因缺水，先移至通州张家湾（今北京市通州），之后在通州城北建石坝码头，以其为南方长途粮船的终点港，再倒载到能航行通惠河的小船驳运进北京城。张家湾也不再是漕粮码头，改作装卸其他货物港区和外地进出北京港的水上客运码头，国内旅客和外国使团来往京城均在此上下船。

明代大运河运输除促成顺天府的通州和畿辅的天津兴起为港口城市外，沿河的德州、临清、济宁、淮安、扬州、镇江、常州和无锡等地也因港口发展使城市更加兴盛。

明永乐三年（1405年），明成祖任命内官郑和和王景弘率领庞大远洋船队，从南京港始发，于刘家港集结，到福州长乐县太平港候风扬帆下西津（今南海和印度洋），开始了人类首次规模最大、技术最先进的航海壮举。此后于永乐五年、六年、十年、十四年、十九年以及宣德五年，又举行了六次大规模下西洋，上述三个港口由此名留史册。明代自停止下西洋远航后，远洋运输大为缩减，相关港口萎缩，刘家港和太平港均成明日黄花。

明代伊始，沿海就继续遭受倭寇劫掠，时间持续达220年之久（1368—1588年，从洪武元年起至万历十六年日本政府颁布海贼禁令），祸及江东至广东沿海。尽管有时日本当局能应中国要求，在其本土配合剿捕倭寇，将寇首押送中国处理，但大多数时间日本当局采取听任的消极态度，倭寇长期为害，对沿海港口造成了很大破坏。从明正德年间起，粤闽浙海港又受到来自西方的葡萄牙、西班牙和荷兰等半商半寇侵扰，这成为当时朝廷实行只开放官方友好国家间的有限朝贡贸易，不准民间开展对外贸易的主因之一。故明代海港不如前代开放，只有宁波、泉州（后改福州）和广州三个港口开朝贡贸易，所设市舶司名同实异。遇到特殊情况，此三港也时而停止对外开放，如嘉靖二年（1523年），日本贡使又在宁波港闹事，杀人放火劫掠，宁波港被迫对外商关闭了一段时间，史称“宁波争贡事件”。

明嘉靖（1522—1566）初期，明军与侵掠的葡萄牙人在珠江口发生屯门之战（1521年）和西草湾之战（1522年），葡萄牙人被逐出广东。广州港及其外港屯门等小港对外商关闭。嘉靖八年（1529年）后广东重新对外开放，将香山县澳门半岛南端小渔港壕镜澳（后称澳门，国际上称Macao）和其他几个偏僻小港湾供东南亚来的商船停泊，就船贸易。嘉靖三十三年（1554年）从浙闽逃返广东的葡萄牙人以保证与海盗脱钩，改恶从善，守法纳税等，获准进壕镜澳随船贸易。嘉靖三十六年（1557年），葡萄牙人通过贿赂当地官员开始非法上岸居住，隆庆六年（1572年）将每年贿银500两转为公开地租银后，才能在澳门合法居住和经营。这是中国历史上第一次在不失主权的情况下将领土和港口租给外国人居住、管理和经营。葡萄牙人开始只有澳门半岛前端一隅之地，后逐步蚕食北侵扩大地盘。荷兰人在明万历时曾三次武装争夺澳门港，未成后转向澎湖列岛，于天启二年（1622年）入侵厦门港，两年后占台湾岛安平港。西班牙也加入争夺澳门港，未成后于天启六年（1626年）占台湾岛北部鸡笼港（今台湾基隆港），筑城后又占淡水港（今台湾台北县淡水河内）并筑城。一心想独占台湾全岛的荷兰，于崇祯十四年（1641年）打败西班牙，夺取鸡笼港和淡水港。后起海上强国英国武装商船于崇祯十年（1637年）强闯珠江口，炮击并一度占领虎门炮台，欲强行到广州港进行中英历史上第一次贸易。明朝末期已经出现西方列强侵入中国海港的前兆。

明代初中期对民间外贸和海运实行海禁政策后，在粤闽浙沿海出现了一批内外勾结武装走私的港点，诸如广东的上川岛和南澳岛，福建的月港（九龙江内，今福建龙海市）、厦门和梅岭，浙江的双屿等，官方禁而不止，此伏彼起。明朝在基本肃清倭寇后调整策略，隆庆元年（1567年）允许月港开展民间外贸，对国内商船开禁。(www.daowen.com)

虽然沿海多难不幸，但是内河水运却兴旺许多。内地港口不受倭寇和海盗劫掠，较前代有较大发展。如位于汉江口改道后入长江处的新汉口港（港区在汉江口内，今湖北武汉市汉口）就是在明正德年间（1506—1521）兴起的，到万历年间（1573—1620）已“商舶数千”。

明代继承辽、金、元在东北拥有的大片领土，包括黑龙江以北地区和以东的库页岛等，对黑龙江水系港口进行初步开发，在黑龙江入海口内奴儿干设有最高官府奴儿干都司，使奴儿干成为重要的早期港口。黑龙江、松花江和乌苏里江沿岸设立的一系列军事驻地，形成了一批早期港点，这些港口以后多发展为商港。

清代初期，清军在征服南方各地的反抗中，“大兵所至，田舍一空”，港口遭受严重破坏，如扬州港等悉数毁为废墟。为扼杀浙闽反清复明势力，顺治十三年（1656年），清世祖下旨厉行海禁，既“严禁商民船只私自出海”，又“不许片帆入口”，“严惩商民下海交易，犯案者不论官民，一律处斩”。后犹嫌不够，于顺治十七年（1660年）下令沿海所有民众内迁30里，沿海所有船只全部烧毁。康熙三年（1664年）又令内迁50里，康熙十七年（1678年）再令福建沿海大举向内迁徙，造成北起山东南至广东的沿海港口被大量废弃，广大沿海民众悲剧丛生。

清朝自统一台湾后，于康熙二十三年（1684年）颁令开禁，允许百姓重返沿海。当年设闽海关于福州（后又设厦门海关），次年，设浙海关于宁波（一说为康熙二十五年），设江海关于杭州湾北岸华亭县漴阙，后迁上海县宝带门（今上海市黄浦区），在广州设粤海关，并在澳门设分关。从此历史上市舶司的大部分职能由海关取代。

清代长江干流港口变化很大。明代内河第一大港南京因改朝换代而相对衰落，港口和城市也改名为江宁，不再称为南京，只维持全国第三四位港口地位。位于长江中游的汉口港再度崛起，嘉庆至咸丰年间（1796—1861）更盛，逐渐成为长江第一大港，由此带动了汉口镇城市发展。长江下游仪征港发展迅速，“是时盐纲^[11]皆直达，东自泰州，西极于汉阳，转运半天下焉，惟仪征绾其口。列樯蔽空，束江而立，望之隐若城郭”。上海港成为江海关所在地后发展也较快。乾隆年间（1736—1796）的《上海县志》已将其与汉口和仪征两大港口相比较了。

明朝的“海禁”主要在明朝初年和明朝中后期。明初是因为明太祖期望海禁政策对海防的巩固能起到决定性作用，而明朝中后期“海禁”主要是因为倭寇横行。但无论出于什么目的，海禁政策对当时中国的对外贸易和港口发展起到了无法想象的遏制作用。清朝出于防汉制夷的政治考量，同时为了打击反清复明势力，配套施行了空前绝后的闭关锁国政策。清朝海禁的后果是在以海禁、文字狱等一系列策略的配合实施下，中国文化的发展道路遭到极大破坏，废弃了明末以来形成的传统主动海防观念，扼杀了中国的海洋贸易和国内工商业的发展，自此我们国家进入了落后挨打的时代。