秦代自秦王嬴政统一六国后改称始皇帝至秦二世胡亥降刘邦仅有15年（前221—前206）。秦代黄河已改道由今河北沧州市以东独流入海，战国时从河南滑县向北经过天津以南及献县入海的黄河北汊完全消失，因而黄河北汊的港口随之消失。济水上的主要港口为历城（今山东济南市）。淮河除有前代港口外，又增加了钟离、盱台和淮阴等港。长江上的江乘港（今江苏句容市北龙潭附近）因秦始皇在此渡江，也成为小有名气的港口。

秦代开通灵渠（今称兴安运河或湘桂运河），实现湘江与桂江沟通，使长江和珠江两大水系联通，创造了人类古代社会越岭开凿运河的奇迹，同时造就了兴安（今广西兴安县）等港口的出现。此外，通过鸿沟、荷水、济水、河水和渭水，将函谷关以东各地的粮食等物资运抵都城咸阳（今陕西咸阳市），从而渭水的咸阳港和黄河的陕县港等一批新港口陆续出现，并成为中原地区最早的“停米易舟”中转港口。

秦始皇统一六国和征服南越（今广东、广西）后，秦代疆域的海岸线北起秦长城（今鸭绿江口附近），南至南海北部湾。除承袭战国时期留下的沿海港口外，新出现的港口有朐县（今江苏连云港市附近）、丹徒（今江苏镇江市，当时近长江口）、钱塘（今浙江杭州市，当时近钱塘江口）、鄮县（今浙江宁波市）、东瓯（今浙江温州市，瓯江口内）和东冶（今福建福州市，闽江口内）。秦始皇在东巡海疆过程中还重点扶持了琅琊港，曾迁入两万户定居以助其繁荣，并两次从该港派出方士徐福率领大规模船队出海，探寻传说中的“蓬莱”等三神山（岛），并在长江南岸丹徒开凿曲阿运河沟通长江。

汉代（前206—220，分为西汉、新朝、东汉）疆域比秦代进一步扩大，社会生产能力和规模有较大提高，促进各地港口得到较大发展。由于咸阳港毁于战火，西汉建都长安（今陕西西安市附近）后新建长安港，汉武帝时开凿300里（1里＝500米）长安关中漕渠，引黄河支流渭河之水至潼关。前代老港江陵（今湖北荆州市）作为长江上的大港继续繁荣，还衍生出新港“津乡”（今荆州港沙市港区），武昌（今湖北鄂州市，非今武汉之武昌）等港也得到发展。彭蠡泽（今鄱阳湖前身，当时与长江尚未分离）畔的寻阳港（今九江市附近，后改为浔阳），汉武帝巡视长江曾从该港登船。成都港（位于岷江），对于促成成都发展成为仅次于都城长安的城市发挥了重要的作用。长江主要支流汉江上游淯水（今白河）的宛港（今河南南阳市），《史记》赞为“西通武关、郧关，东南受汉、江、淮，亦都会也”（汉指汉江，江指长江，淮指淮河），已成为当时重要的港口城市。

北方和东南地区的著名商港还有邯郸（今河北滏阳河畔）、临淄（今山东淄水畔）、吴（今江苏苏州太湖之滨）和合肥（今安徽淝水畔）等，在辽宁还出现了沓津（今辽宁大连市旅顺）港口。

岭南地区的港口也得到了较快发展，位于离水（今桂江）和郁水（今西江）汇合处的苍梧郡广信港（今广西梧州港）成为当时珠江内河第一大港。南海郡番禺港成为当时岭南沿海第一大港，但尚未成为对外贸易始发港。

汉武帝时，朝廷大力开辟海上交通，发展起了北起西安平（今辽宁丹东市），南至日南郡（郡治在今越南西贡）的南北沿海分段航线，形成东方“海上丝绸之路”，利用山东的港口与朝鲜半岛南部的马韩、辰韩、牟韩（均在今韩国）和日本列岛各部落国等通航。之后，朝廷开办西方“海上丝绸之路”，从日南郡边塞（今越南岘港）、合浦郡合浦港（今广西合浦县）和徐闻港（西汉徐闻县很大，几乎遍及广东雷州半岛，一般认定县治在今雷州湾内雷州市，故徐闻港既有今雷州湾港区，又有雷州半岛南端，今徐闻县港区）出发，分段航行，最远抵达已不程国（今斯里兰卡）。

西汉时，长江中下游兴起了柴桑港（今九江港前身，当时长江与彭蠡泽即今天的鄱阳湖未分开）。淮河上的九江郡港也是重要港口（今安徽寿县，与今江西九江市同名不同地）。(www.daowen.com)

东汉都城迁至洛阳，洛阳之滨的洛阳港地位继东周之后再度上升。汉光武（25—57年在位）时还开挖了平行于洛河的人工渠，改善港口通航条件。东汉初年还大建汴渠人工运河，代替先秦时鸿沟即西汉时改名的浪汤渠，成为沟通黄河、淮河间的南北运河干道，发展了大梁（今河南开封市）和彭城（今江苏徐州市）的港口。

东汉末年在华北也修建了多条运河。建安九年（公元204年），开白沟运河；建安十一年开平虏渠（在天津市以南，相当于今南运河位置）；同年又开泉州渠，北通鲍丘水（在今天津宝坻区西北），并使海河水系面貌得到改变。从泉州渠与鲍丘水交汇处又向东开运河名“新河”连至濡水（今称滦河），这是历史上第一次使海河与滦河联通。平、泉、新三条运河大体平行于渤海海岸，意在避开海运风险，由此又诞生一些新港口。

东汉末年形成三大割据势力，后为魏、蜀、吴三国。建安十三年（公元208年），孙权在丹徒（今江苏镇江市）京岘山修筑京城（即铁瓮城），长江边上开始形成京口港（即早期的镇江港）。赤壁大战前，诸葛亮曾于该年到京城共商大计，《三国志》载“即遣周瑜、程普、鲁肃等水军三万，随亮诣先主”。这支水军到达樊口（今湖北鄂州市），与在夏口（位于古汉江口，今武汉市汉阳区）的刘备联合，取得赤壁大战胜利，孙、刘各得荆州部分地区（指郡治在荆州的大荆州）。

建安十五年（公元210年），刘备亲至京城见孙权求借荆州。建安十六年，诸葛亮与关羽镇荆州。同年孙权自吴县（江苏苏州市）移治秣陵（今南京市以南秦淮河边）。建安十七年，孙权命人在长江边筑石头城，此处成为最大码头所在，秣陵改名建业。公元222年，孙权在武昌（今湖北鄂州市）称吴王，公元229年，改称大帝即皇帝，并迁都建业，并在建业设立扬州州治。由此，长江下游新兴了京口、武昌（樊口）、扬州（建业）三港，发展了中游原有的荆州和夏口两港。吴国为沟通扬州港与腹地太湖和会稽直接交通，还在句容至丹阳之间开辟了破岗渎运河，从此免于绕道京口港。

由于国家分裂各自为政，当时南北方同时出现两对荆州港和扬州港的奇特现象。魏国设州治为荆州（位于今河南新野县）的荆州行政区，辖区内汉江支流淯水出现荆州港，其规模远不及吴国长江边的荆州港。魏国也设州治为扬州（今安徽寿县）的扬州行政区，州治所在地的扬州港虽与长江边的扬州港同名，实为先秦时的寿春港，位于淮河支流淝水，为当时淮河支流淝水最著名的港口。

三国时，海港已有大规模海运，并走向海外。魏国利用山东、辽东港口与日本港口通航。吴国于公元230年，派出1万人的大舰队出海探寻海中夷州和亶州两大岛，其中夷州即今台湾岛，这是正史上最早记载大陆港口与台湾港口的通航。公元233年，派出1万人北航辽东，公元242年，派出3万人南航珠崖和儋耳（今海南岛）。公元226年，派出船队出使海南（今东南亚一带）百余国，公元243年，扶南国（今柬埔寨）遣使回访。公元226年，大秦国（指东罗马）商人秦论赴吴国交州的交趾郡治龙编港（位于今越南河内市东北通海河流内），并转赴武昌（今湖北鄂州市）见孙权，这成为欧洲与中国“海上丝绸之路”的早期记录。