海关监管的个别环节效率还有待进一步提升。问卷显示，60.9%的企业期待贸易进出口便利程度有所突破。企业反映，海关建立新的监管信息化系统后，系统维护权限由外高桥保税区上移到上海海关，增加了沟通成本、影响了沟通效率。还有企业反映，以往外高桥保税区海关分拨业务一般30天内可完成报关，现在将分拨业务查验的最终审批权上移到上海海关的风险处，审批由按天进行改为按月进行，报关时间增加到70天。

检验模式创新滞后于其他省市自贸试验区。问卷显示，52.9%的企业认为需要继续推出便利化创新举措。企业反映，自贸试验区仍采用传统检验检疫模式，还没有实现由监管货物向监管企业转变、由事前检验向事中事后检验转变，虽已有较好的尝试，但也有进一步的改进空间。宁波检验检疫部门在跨境电商领域已开展了相关探索，由重点管进口商品向重点管电商和第三方检测机构转变，整个检测流程由原来5—7天大幅降低到半个小时，而上海方面目前改革的步伐仍较慢。还有企业反映，自贸试验区仅机动车、液体化工品等进口商品的第三方检验结果列入进口法检采信范围，食品、化妆品等进出口货物检验时间长。福建自贸试验区已将第三方采信范围扩大到进口机动车、服装、儿童玩具和纸尿裤、食品接触产品、原油等领域。

部分航运领域政策尚未形成突破。一是启运港退税政策面临诸多限制因素。企业反映，目前仅有8个港口纳入试点范围，离境港仅限洋山港，海关监管要求启运港退税的航线必须是直达航线，该项政策对船公司和船号都进行了严格限制。二是沿海捎带不具国际竞争力。企业反映，目前海关对沿海捎带采取“转关运输”模式进行监管，即在启运港报关，到上海港后报转关，而釜山、新加坡等境外港口中转则无须报转关。还有企业反映，自贸试验区要求沿海捎带业务必须是中资控股，符合条件的船只数量少，不利于中资船与外资船进行货物调配以提高仓位。(www.daowen.com)

“单一窗口”功能有待提升、覆盖面有待扩大。问卷显示，73.4%的企业认为需要扩大一口受理的范围，减少重复递交材料。目前上海“单一窗口”仅纳入了17个口岸监管部门，且参与深度不够，贸易许可申领功能只涵盖5类贸易许可，尚未实现全部覆盖，税单尚未实现无纸化，收费标准也要高于原来的操作模式。新加坡“单一窗口”纳入了35个口岸监管部门，各部门直接对接，充分实现了一体化运作。