由于气候变化和人为因素所致，甘南草原的“三化”（草场退化、沙化和盐碱化）现象日益加剧，黄河“蓄水池功能”正在消失，加剧了黄河上游的生态环境恶化。

生态恶化已严重威胁“中华水塔”和“黄河蓄水池”。玛曲县90%以上的天然草原存在不同程度的退化，其中沙化土地面积已达10.5万亩，固定沙丘5.4万亩，流动沙丘5.1万亩，沙丘高达12～15米，沙化草地面积达69.5万亩，沙化土地面积加草地沙化面积占全县土地面积的5.23%。全县共有36处大型沙化点，黄河沿岸已出现长达220公里的沙丘带，并且沙化面积还以平均每年3000多亩的速度递增。与建国初期比较，玛曲县沼泽湿地大面积干涸，临潭县境内的19条洮河一级支流部分成为季节河，部分已干涸。

草场超载过牧，影响草原植被。长期以来，由于畜牧业生产的科技含量低、草场配套设施建设起步晚、发展缓慢，草畜矛盾日益突出，天然草原牧草平均产量由80年代初的每亩400公斤左右下降到现在的300公斤，草层高度下降到现在的10厘米左右，植被盖度下降到目前的75%左右，并呈逐年下降趋势。(www.daowen.com)

虫害、鼠害与沙漠化严重。中华鼢鼠、高原鼠兔、草原毛虫大肆泛滥，鼠虫害严重地区许多草原逐渐演变为沙化区。目前，全县鼠虫重度危害面积达300万亩左右，占全县可利用草场面积的23%。

生物系统多样性锐减。由于草原退化、草地沙化及水土流失、草地荒漠化等因素影响，植被覆盖面大幅度下降，野生动物种群大量消失，植物物种下降24.4%，野生食草动物如藏羚羊、盘羊、马鹿、黄羊及食肉动物熊、狼、狐、豹等近于绝迹。如玛曲县的各类珍稀动物由20世纪60年代的230多种，下降到目前的140多种，减少近90种。