资金匮乏是西部合作组织运行中遇到的首要困难。西部地方财政无力解决合作组织运行资金，合作组织难以通过信贷途径取得农村金融组织资金，仅靠会费收入难以维持合作组织正常运行，许多合作组织甚至不能开展基本的技术培训等服务，这不仅影响了合作组织规模经济效应，也降低了农（牧）民加入组织的积极性。

西部合作组织以各种蔬菜、药材和农副土特产品经销协会为主，以土地、资金等生产要素入股方式加入合作组织者甚少，农（牧）民加入组织只需邀纳微少会费（甘肃许多地方的合作组织成员的年会费为10元）即可，组织对成员缺乏约束力，并进而导致组织管理与运行机制方面出现诸多问题。首先，内部治理结构不完善，规章制度或不健全或难以落实，许多地方合作组织悬挂的各项规章制度，主要功能是应付上级检查，多数合作组织是由会长等少数人（发起人或投资人）控制；其次，由于成员之间缺乏基本联系纽带（如资金、土地等），成员与组织之间往往是一种简单的、不具有任何强制性的购销关系（成员可以将其产品卖给合作组织，也可以通过其他途径销售），成员的权利与义务意识淡薄，合作组织难以代表和维护其成员权益的同时，成员维护组织整体利益的意识也缺失；第三，在分配机制上，由于组织一般成员与组织领导之间只是一般的买卖（购销）关系，所以，组织的盈余也不存在与普通成员的二次分配问题，组织能否发展壮大一般组织成员并不关心，缺乏同舟共济的组织凝聚力。(www.daowen.com)