2007年1月1日开始实施的《中华人民共和国农民专业合作社法》在明确农民合作组织的法律地位、性质的同时，也明确了国家的相关扶持政策，对合作组织发展有积极促进作用。但该法律本身也存在诸多局限性，不利于合作组织的发展。

首先，该法将“专业”合作解释为“同类农产品”经营者的合作，所以，非“同类农产品”经营者之间的合作就成为非法，这种法律规定上的狭隘性直接影响了合作组织的健康发展。(www.daowen.com)

其次，该法没有给农民金融合作的权利，视农民金融合作为非法。土地和资金是合作组织得以生存和发展的两条基本纽带，否认农民间的金融合作权，使合作组织维系和发展基础不稳、条件不足，而目前农村金融组织难以（也不可能）解决合作组织融资问题，资金匮乏制约影响合作组织活力。实际上，早在2006年中央1号文件中就提出要“鼓励在县域内设立多种所有制的社区金融机构，允许私有资本、外资等参股。大力培育由自然人、企业法人或社团法人发起的小额贷款组织，有关部门要抓紧制定管理办法。引导农户发展资金互助组织。规范民间借贷。”2009年的中央1号文件尽管提出要尽快出台“农民专业合作社开展信用合作试点”具体办法，但有关农村民间金融制度安排迄今尚未出台。