三权分立中的司法权，由最高法院和其他下级法院及联邦和各省法院行使。一方面，最高法院在阿根廷整个领土内有权处理宪法116 条法案规定的案件以及属联邦政府职权内的事件；另一方面，各省法院不得无视中央政府的公共权力职能，无权干预与以下事项有关的案件：国家公共档案、移民、国籍、银行破产及铸造假币。司法独立是指面对国家其他权力机关和其他审判机关以及政府机构时的独立权，它有以下两个特征：法官不受行政权力影响（除非是法律预先规定的情况），也不受法院本身管理的影响。

国家最高法院是阿根廷最高司法机关，位于司法宫。国家最高法院和国家低级法院负责处理和判决一切涉及宪法和法律的案件（各省职权内的事项除外）；涉及同外国签订的条约的案件；涉及外国大使、公使和领事的案件；涉及海事和海上管辖权的案件；涉及国家为当事人的案件；涉及两省或两省以上的省际案件；涉及一省与邻省居民之间的案件；涉及不同省的居民之间的案件；以及涉及一省或其居民同外国或外国公民之间的案件。在涉及联邦问题时，如果两种等级相同或不同的法律之间产生冲突，或者是涉及国际协定，最高法院具有最终决议权。

联邦司法机构包括最高法院、17 个上诉法院和几个地区法院。各省司法体系和联邦司法体系组织方式相同。国家司法体系呈金字塔形，第一审法官负责公民法、商业、劳工和刑事等领域的案件。国家上诉委员会行使上诉法庭职能。金字塔形司法体系中的每一审查等级都可以重新验证法律合宪性。(www.daowen.com)

法官委员会负责通过公开竞选程序遴选法官，总统经参议院同意任命新法官。法官委员会同样负责管理司法机关，监察法官以及启动陪审团机制决定是否撤销其律师资格。陪审团成员由两院以绝大多数选举出来。

阿根廷每省都有自己的司法机构，在各省宪法制度下行使一般司法权。