横向比，我国国有企业科技创新实力有了大的飞跃，但从纵向来看，国有企业总体上创新能力依然薄弱，缺乏具有自主知识产权的核心技术和核心竞争力，对外技术依存度较高，企业技术创新主体地位尚未确立，制约企业创新的体制机制障碍等突出问题仍然存在。

国有企业科技创新能力不强的主要体制机制障碍，表现在以下几个方面：

1.科技创新投入机制不合理，投入总体偏低。政府是国有企业科技创新投入的主要来源，但与西方发达国家相比，我国政府对国有企业创新投入比重较小，较分散，不利于集中资金攻克技术难关，形成先进的核心技术。长期以来我国企业研发经费投入偏低，研发经费人均支出仅为美国的1.2%、日本的1.1%。大中型工业企业研发经费支出占其销售收入的比例，多年来一直不到1%，“十二五”期间计划达到1.5%，而主要发达国家已达2.5%到4%。另外科技创新投入多以项目的形式来分配，使科研变成了短期性和利益驱动的任务，成果在项目结题后的推广应用缺乏必要的动力和保障机制。(www.daowen.com)

2.科技创新激励约束机制相对滞后，科技创新原动力不足。在总体研发投入不足的情况下国有企业基本保障不足，导致激励约束能力弱化。科研活动的开展以及人员酬金与补助高度依赖于竞争性项目经费，但科技经费管理却不允许有职工的人员费支出，对于外部聘用人员和研究生劳务费也不能超过5%～10%，单位也只允许提取不超过项目经费5%的管理费。这使得科研活动的增加并不能合理合法地给科技人员带来收入与福利的改善，影响了那些从事基础性和支撑性研究的科技人员的积极性，并制约了在科研项目中培养科技创新人才。

3.科技创新考评机制单一化，科技创新人才发展受限制。国有企业科技创新评价标准比较单一，主要围绕论文、专利、国家或省部级课题、国际合作课题、国际会议等指标，考核、晋升以及荣誉奖励机制主要以这些指标为基础。在现行评价机制下，产业化开发和成果转化工作很难在职称评定、职业发展和学术成就上获得承认，极大地制约了科技人员在工程技术、产业化研究等方面的投入，限制了科技人才向企业合理流动，难以形成合理的科技创新人才结构。截至2011年，我国规模以上工业企业研发人员占从业人员的比例仅为2.8%。全国研发人员中，博士毕业的只有13.4%在企业，占企业研发人员总数的1.1%。