通过对甘肃区域创新体系建设存在的困难与问题的分析，可以发现制约甘肃实施创新驱动战略的瓶颈因素主要有以下几个方面：

1.创新要素不活跃，创新机制不健全，支持区域科技经济体系创新发展的区域创新网络、创新基础平台、创新政策体系和创新文化等区域创新环境正处于开拓建设之中，未建立起高效的科技与经济结合的体制与机制。

2.区域内的大型骨干企业处于投资驱动、要素驱动发展阶段，产业规模化发展进程滞后，支持创新驱动发展的产业资本实力积累不够，缺乏具有科技创新投资实力的骨干企业，缺乏有实力的产业科技研发力量。

3.政府支持产业创新化发展的创新政策支持能力很弱，投融资体制机制不健全，产业对创新活动的投入水平低，创新平台和研发资金比较缺。

4.区域创新政策体系建立在承担创新社会成本的政策建设理念之上，不承担企业技术创新的追赶成本，导致产业创新主体普遍缺乏创新的内在动力，科技创新能力不强，创新型中小企业发展滞后。(www.daowen.com)

5.由于创新环境与体制机制建设滞后，高等院校与科研机构主动开展科技创新的动力不足。

6.政府、产业体系未建立起培育企业核心竞争力的管理体制与机制。

7.科技创新力量很弱，高端创新人才集聚平台建设滞后，未在产业体系形成行之有效的高端人才引进、发现、培养和使用的政策与机制。

8.甘肃科技人才总量不足和结构性短缺的问题突出。每万名劳动力中研发人员只有9.7人，与全国平均水平差距较大，尤其是高层次、高技能人才匮乏。科技人才短板已经成为制约全省经济社会创新驱动发展的最大瓶颈。