根据我国《暂行规定》，合并价差是指母公司对子公司权益性资本投资项目的数额为子公司所有者权益中母公司所持有的份额相抵消的差额，即母子公司合并中产生的全部价格差异，同时还包括内部债券投资额与内部应付债券数额相抵消发生的差额。其存在的问题主要有：

1.合并价差一词的界定不明确。目前国际上对合并价差的内容有明确的规定，一是母公司购买成本与子公司可辨认净资产公允价值的差额，即通常所说的商誉；二是子公司可辨认净资产公允价值与其账面价值的差额，即子公司资产的增值或减值。对这两部分的差额在以后年度内分别按照合理的方法进行摊销。而我国的《暂行规定》要求，在编制权益性投资和债券性投资抵消分录不能平衡时，统统作为合并价差。所以合并价差本身是一个平衡数，其含义不明确。这样的方法虽简单，回避了复杂的合并，但是理论上合并价差的性质模糊不清，也使得在实务中合并会计报表的编制带有很大的随意性，同时使得任何不平衡的数字甚至错误，都可能归入合并价差，大大地降低了其科学性和可理解性。从合并会计报表所提供的会计信息的质量看，合并价差在合并资产负债表中放在“长期投资净额”项目下单独列示，使用者无从了解合并价差有多少属于商誉，多少属于其他来源，不能体现会计的明晰性原则和充分揭示原则；另外合并价差中的资产升值或减值部分永久保留在账面上，没有随原资产进行摊销，不符合会计权责发生制原则和配比原则。

2.将不同性质的差额同时归入合并价差，影响合并价差的可理解性。《暂行规定》中，将企业集团内部债券投资与内部债券数额相抵消的差额也列入合并价差。这种做法虽比较简单，易于操作，但将两种产生原因不同、内容不同的差额同时归入合并价差，使得价差的内容更令人难以理解。企业购买控股股权时产生的价差，是为了取得未来超额分配收益而支付的成本，理应作为合并价差列示于合并资产负债表上，而在购买控股权后产生的债券利得或损失，只影响合并损益表，不应列于合并资产负债表上。另外，对于权益性投资，由于合并商誉属于无形资产，存货属于流动资产，房屋属于固定资产，它们分别具有不同的资产特性和入账确认标准，同时也具有不同的价值转移形式。资产的价值变动，应该属于资产本身，而不是确认为合并价差。另外合并价差可能产生于子公司的流动性项目，也可产生于非流动性项目或商誉，它们的摊销期限也不应该相同。(www.daowen.com)

3.对合并价差的摊销不规范。《股份有限公司会计制度》和《企业会计准则——投资》均要求对长期股权投资在按权益法核算时产生的股权投资差额进行摊销，而未涉及在编制合并会计报表时对合并价差是否进行摊销的问题。从实际编制的合并会计报表看，我国报表中的合并价差每年都在减少，但却不是真正意义上的摊销，是因股权投资差额的减少而造成的。合并价差逐期减少至零，而没有对应摊销项目。这种做法，一方面影响了合并资产负债表的公允性，我国目前对合并价差没有相应分摊到各有关资产负债项目，合并后没有进行合理的摊销，从而不能真实反映合并后企业的资产结构和财务状况。另一方面，由于对合并价差和股权投资差额的不同处理，往往会出现母公司利润不等于合并利润，不利于合并会计报表的复核、验证，以及保持与母公司会计报表的钩稽关系。

4.合并价差中包含的债券推定损益不予摊销，容易造成母公司操纵利润现象。从企业集团看，通常认为内部债券投资实际上相当于公司债券的赎回所发生的损益，应计入当期的合并损益中，调节当期合并利润，并在以后年度调整因债券利息产生的利润。我国将这部分差额作为合并价差不予处理。母公司如果想避免赎回内部债券所产生的损失，可以让子公司购入母公司债券，推定损益计入合并价差中，没有影响到母公司的利润，但是根据实质重于形式原则，债券推定损益应计入母公司利润中。