对于创新型企业来说，知识管理绩效评价是一项复杂的多层次、多目标评价活动。影响评价有效性的相关因素很多，而且知识管理绩效评价的影响因素与企业绩效水平之间的映射关系非常复杂，难以明确表述。除此之外，知识管理绩效评价还存在以下难点。

（1）知识的隐含性和复杂性性加大评价难度

创新型企业中大部分知识是存储在人脑中的隐性知识，只有少量是已被编码化的显性知识，知识与人本身紧密联系在一起，而且某些知识与非知识难以分辨清楚。因此，知识的隐含性和复杂性导致知识管理绩效难以评价。此外，由于知识管理活动往往不能直接带来效益，完全实现知识管理的精确量化及直接评判知识管理的成效在本质上是不可能的，需要通过某些相关活动及能力指标外在地将其体现出来。

（2）传统评价方法很难起作用

创新型企业在评估知识管理的绩效时，不可避免地面临评估知识资产、评价知识创新能力、考核知识工作者业绩等问题。在过去，人力资本及知识技术的投资在财务报表上是被列为负项的，今天我们知道它们却是创新型企业运行的核心，是创造价值的源泉。然而，进行资产评估、绩效评价和员工考核的传统方法，在进行知识管理绩效评估时却很难起到作用。因为无法将知识这种无形资产进行量化分析，而且单纯地把相关的财务指标作为标准，也不能正确地表现出企业的获利能力与经营的绩效，比如，高知识含量、高品质的产品使创新型企业知名度大大提高，潜在用户不断增多，这是无法定量描述的隐形效益。由此导致我们必须引入新的评价指标并探讨适合的评价方法。(www.daowen.com)

（3）来自企业内部的阻力不容忽视

在进行知识管理绩效评价时会遇到的来自企业内部的阻力，主要体现在：一是由于绩效评价可能引起权利的再分配，很有可能会影响到一些部门或个人的地位和利益，这将导致绩效评价过程会受阻；二是知识自身的特点决定了在绩效评价过程中需要员工的紧密配合，致使绩效评价不得不与激励、奖励机制联系在一起，而绩效评价又难以做到完全客观公正，部分有偏差的评价可能会遭到一些员工的抵触，使评价效果打折扣。

因此，知识管理绩效评价是一件既困难又复杂的事情。如何实现既充分考虑评价专家的经验和直觉思维模式，又能降低评价过程中的人为不确定性因素；既具备综合评价方法的规范性，又能体现出较高的问题求解效率，是正确评价创新型企业知识管理绩效的关键所在。