世界经济一体化进程的加快，贸易主体和贸易方式的多元化，给中俄双方的贸易运作方式带来了挑战。与国际惯例相比，中俄之间的贸易制度，如银行结算制度、法律仲裁制度、信用保险制度、质量监控制度和通关制度还不够健全。此外，在中俄贸易实际运作过程中还存在诸如合同履约率低、债务拖欠、买空卖空、随意扣留货物和资金、“包机包税”等现象。特别是“灰色清关”现象的存在，使一些通过“包机包税”等途径进入俄市场的中国商品难以获得有效的清关凭证。而俄执法部门查抄罚没中国商品事件时有发生，更使广大华商与中国企业的利益得不到保护。2007年来，俄罗斯国内出现了“中国威胁论”“中国关系空心化”及移民侵略等流言蜚语，也阻碍了中俄劳务和能源合作等直接投资活动的扩大，甚至使联合国的“图们江三角区开发计划”流产。很显然，贸易秩序建设滞后于两国经贸的发展，就不能为两国经贸合作提供一个有序的环境。

20世纪90年代，由于中国和俄罗斯都未加入WTO，加上两国当时社会和经济方面的原因，双边贸易秩序出现了一些不规范现象，贸易主体无序竞争较为严重。贸易秩序混乱使两国贸易摩擦频频出现。(www.daowen.com)

进入21世纪之后，中俄两国加大了规范贸易秩序的力度并取得了积极进展。2004年两国规范贸易秩序联合工作组启动，9月在北京召开了工作组第一次会议。同年两国总理第九次定期会晤期间，中国商务部与俄罗斯经济发展和贸易部共同签署了《关于规范两国贸易秩序问题的谅解备忘录》，就一系列问题达成了共识。为落实备忘录，中国随即制定了规范对俄贸易秩序、加强对内管理的指导性文件：《关于进一步规范对俄贸易秩序若干意见》。俄罗斯也于2006年发布了《俄罗斯联邦禁止外国人在售货摊位和市场从事零售工作政府令》。从2007年1月1日起，俄开始禁止外国务工者从事酒类和药品贸易；从2007年4月1日起，禁止外国人在俄从事小额零售贸易。但由于中俄两国均处在经济转轨时期，至今未能形成有效的行业协调和管理机制，因此由贸易制度缺失引起的贸易摩擦仍然存在。