民族地区农村专业合作组织已经成为改变农户分散格局，为农业商品生产者谋取利益，增强市场竞争力的一种经济组织形式。实践调查发现，虽然由于各种原因，当前民族地区农村专业合作组织对贫困农户的瞄准度有待提高，但是在实际运行中，其益贫性显著，参与农户能够从合作中获得较好的经济效益，特别是贫困农户，相对于一般农户而言，其经济收入改善程度更为明显。合作组织所提供的各项服务内容，也较好地满足了农户对参与行为的各项预期。因此，在未来的发展中，民族地区应该继续致力于发展专业合作组织的数量，以带动更多困难农户参与其中。

与此同时，通过实地考察，研究者也发现，民族地区农村专业合作组织也并没有出现我们所期望的蓬勃局面，不少合作组织举步维艰，甚至处于停业状态。总体说来，无论是从其发起数量还是从其运行质量上看，与理想化水平仍然有明显差距，在满足当地农民减贫增收的期望方面仍然有较大的改进空间，而且在有效承担推动农业产业化、促进城乡对接的社会责任方面也有待提升。例如，虽然民族地区受宗教、文化习俗、自然条件等各方面影响，具备畜牧业生产的绝对天然优势，但其规模化养殖的实际优势并不突出；虽然民族地区肉羊生产无论是产量还是规模化水平都相对较高，但是其肉牛规模化程度不高，甚至低于全国平均水平，民族地区的肉牛出栏量和牛肉产量从全国角度看也都不具有明显优势。这一情况实际上反映了民族地区农业产业化中的普遍问题，这种研究结论同研究者的预期有差距，民族地区农业合作经营体制滞后的局面也不符合当前民族地区减贫的时代要求。(www.daowen.com)

在实践调查基础上，研究者发现了当前民族地区农村专业合作组织运行与发展中的各类问题，并将其归纳为三类困境，以下将进行分别阐述。