在各地农村专业合作组织数量不断增加的同时，其经营组织模式也呈现多元化趋势，有学者进行了不同视角的模式分类，最常见的有以下几种。

一是从合作组织领办人的视角进行划分，重点在于突出合作组织领导人的作用。例如，全国人大农业与农村委员会课题组把合作社组织模式分为农民（包括农村能人和专业大户）牵头领办的合作社、企业（农产品加工龙头企业）牵头领办的合作社，以及涉农部门、乡村干部（农技部门、供销社、乡村干部）领办的合作社；其他的，还有政府发起型、龙头企业带动型、能人大户牵头型、农技部门兴办型、供销社带动型，等等。苑鹏（2013）在此基础上，进一步根据牵头人与普通农户之间的关系，将合作社分为四大类：一是农产品加工企业与农户组成的合作社，双方构成原材料供给与需求关系；第二类是商人（企）与农户组成的合作社，双方构成农产品购销关系；第三类是投资商与农户组成的合作社，双方构成资本供求关系；第四类是社区领导带领农户组建的合作社，双方构成管理职能供求关系。

二是从农村专业合作组织本身的发展历程上进行归类划分，重点在于突出合作组织的业务内容变迁。有学者根据各地发展经验，总结出各种以地名命名的发展模式。例如宁津模式，多个农户先组建农民合作协会，再逐步发展成规范的农民专业合作社；安岳模式，以一种农产品为纽带，生产同类农产品的农户共同成立股份合作制的农村专业技术协会，从而实现劳动者的劳动联合和劳动者的资本联合；江山模式，先由农民自愿组织起来办合作社，再由若干合作社联合起来办龙头加工企业，形成“农户+合作社+公司”的格局，同时以行业协会为纽带，把农户、合作社、加工企业、销售企业等多种经营主体联合起来，形成一个较大规模的现代农业的一体化经营模式，等等。(www.daowen.com)

三是从组织结构上进行分解划分，重点在于突出农业产业化经营中各合作方的利益关系和权责范围。例如，赵凯（2013）将农业产业化经营组织模式划分为四类，一是“公司+农户模式”，这是我国农业产业化经营的最初模式；二是“公司+中间组织+农户模式”，此处的中间组织则包括了各类农民专业合作社、供销社、各种专业技术协会、销售协会、专业批发市场等；三是“公司+加工专业户（养殖大户/种植基地/生态农业示范户/经纪人）+农户”模式；四是“公司+公司”模式。可见，合作组织或农户同其他利益相关者一起，构成价值链上的一个环节，共同推进农业产业化进程。

第三种划分方式对民族地区专业合作组织发展模式的研究影响较大。如，韩震（2015）通过研究广西“十百千”产业化扶贫示范工程，根据各县中期评估自评报告及实际抽样调查，分析得出该区合作社建设的四种模式：“龙头企业+合作社+农户”模式、“龙头企业+农户”模式、“合作社+农户”模式及“能人+贫困农户”模式；还有学者提出贫困民族地区农村专业合作组织的差异化发展战略，即根据贫困程度，将其划分为温饱尚未解决且无优势产业的民族地区、有产业优势但尚未形成产业集群的民族地区，以及已形成优势产业集群，但农产品出现销售难的民族地区，建议第一类贫困地区采取“官民结合型”与“民间力量推动型”相结合的模式，发挥政府在合作组织发展中的主导作用；第二类贫困地区采取“官民结合型”，即“政府+协会+农户”的模式，以调动社会力量和农户的个人力量；第三类由于已经有良好的产业基础，则采取“龙头企业带动型”以及“农民自办型”等发展模式。