规划正式形成前征求意见，遭到了水资源输出方——杭州和绍兴的反对。

杭州反对的主要理由是“咸潮”的影响，怕上游淡水引走多了，流量不足，使海水上溯，咸潮河段延伸。钱塘江咸潮严重时，部分水厂正常运作会受影响甚至被迫停止取水，进而影响原水供给。自古以来杭州就没有停止过与钱塘江抗咸的斗争，现在规划萧山枢纽工程要从富春江平均每年拿走8.9亿立方米的水，杭州第一个表示担心。

杭州市委、市政府给省委、省政府提意见，认为杭州战略上也缺水，用水也紧张，特别在气候干旱，新安江、富春江来水较少的时候，下游咸水容易进来，对居民生活用水是一种威胁。绍兴市也担心，认为绍兴自身水资源也紧缺，省里的规划配置不够合理，考虑绍兴的利益不够充分。曹娥江流域基本在绍兴境内，每年总共引进8.9亿立方米，却有7.39亿立方米要输到宁波，扣除配给舟山的1.27亿立方米，宁波能得到6.12亿多立方米，额度太大。另外，宁波市人均用水额度已经比较高了，水用得比较爽快，还要向绍兴引那么多水。他们要求省里协调宁波少配置、少拿水，希望增加富春江引水量，保证绍兴发展需求。(www.daowen.com)

宁波（尤其是慈溪）和舟山缺水问题非常严重，生活用水、生产用水都受到制约，沿海临港工业发展用水亟待解决。这种情况下，市与市之间互相谈妥是比较难的，需要共同的上级——省委、省政府来协调决策配置，力求公平公正。